抗體芯片是zui近發展起來的一種技術，可以同時檢測幾百種蛋白質表達水平，也可以用來研究蛋白質翻譯后加工（磷酸化水平改變）
抗體芯片是zui近發展起來的一種技術，可以同時檢測幾百種蛋白質表達水平，也可以用來研究蛋白質翻譯后加工（磷酸化水平改變）或者研究蛋白質間相互作用，其原理是：大量不同抗體被按照預定的順序排列并固定在固體支持物上且保留有結合其相應抗原的能力，可以在和蛋白質樣品一起孵育的程度中識別并捕捉抗原。因此抗原以及與抗原相連的蛋白質就可以被芯片結合用來進行研究。
A：蛋白質表達譜檢測
抗體芯片可以用來檢測兩個不同樣品之間蛋白質的表達水平的相對差異，一次實驗可以比較出數百種蛋白質的表達水平變化。
高通量:一次實驗能同時檢測數百個乃至于上千個蛋白質的表達水平變化。
樣品用量少：減少珍貴樣品的用量。
特異性高：假陽性率低。
實驗周期短：操作簡單，加快研究進程。
操作流程如圖:
B：蛋白質磷酸化的檢測
　　蛋白質的生物學功能不僅僅在表達水平上受到調節，并且其翻譯后修飾作用也被生物體廣泛用于起功能調節。蛋白質通過激酶磷酸化和磷酸酶去磷酸化可以調節蛋白質的活性、定位及其穩定性。由于蛋白質的磷酸化在生物體內信號傳導過程中起到相當重要和廣泛的作用，因此對于蛋白質的磷酸化檢測具有重要的生物學意義。
　　蛋白質磷酸化檢測芯片上以陣列的形式排列了多種蛋白質對應的抗體，首先蛋白樣品在一定條件下與芯片孵育，相應的蛋白就可結合到相應的抗體上。然后用熒光染料（如Cy3、Cy5等）標記的磷酸化酪氨酸（或是絲氨酸、蘇氨酸）的抗體與芯片孵育，使之與芯片結合。芯片經激光掃描儀掃描，所得的信號強度與該位點抗體所針對蛋白的磷酸化水平相對應。相對其他研究蛋白質磷酸化的技術（如western blot）而言，蛋白質磷酸化芯片的篩選方法要可以同時處理多個樣品，檢測數百個乃至于上千個蛋白質的磷酸化程度。這一技術作為一種高通量的定性分析工具，可以用于檢測刺激、藥物處理后某些信號通路的激活、特定蛋白的活化等相關信息。
高通量:一次實驗能同時檢測數百個乃至于上千個蛋白質的磷酸化水平。
樣品用量少：減少珍貴樣品的用量。
特異性高：假陽性率低。
實驗周期短：操作簡單，加快研究進程。
C：蛋白質相互作用的檢測
　　當你要研究某一蛋白靶蛋白與其他蛋白相互作用時，你可以通過蛋白質相互作用芯片進行檢測。芯片上以陣列的形式排列了多種蛋白質對應的抗體，首先蛋白樣品在一定條件下與芯片孵育，相應的蛋白就可結合到相應的抗體上，由于蛋白質相互作用，靶蛋白通過蛋白質相互作用也可間接地連接在芯片其他不對應的抗體位點上。利用靶蛋白所對應的一抗與芯片孵育，抗體結合到這些所有位點。然后用熒光染料（如Cy3、Cy5等）標記的二抗與芯片孵育，使之與芯片結合。芯片經激光掃描儀掃描，所得的信號強度與該位點抗體所針對蛋白與靶蛋白相互作用能力成正比。相對其他研究蛋白質相互作用的技術而言，蛋白質相互作用芯片的篩選方法要簡便的多，實驗周期更短。
　　通過蛋白質相互作用芯片技術，你可以同時處理多個樣品，檢測靶蛋白與數百個乃至于上千個蛋白質的相互作用。這一技術作為一種高通量的定性分析工具，可以用于篩選與靶蛋白相互作用的相關蛋白質，從而研究蛋白在細胞中某些信號通路中的定位，及其可能的生物學功能。
高通量:一次實驗能同時檢測數百個乃至于上千個蛋白質的相互作用。
樣品用量少：減少珍貴樣品的用量。
特異性高：假陽性率低。
實驗周期短：操作簡單，加快研究進程。