為了冷凍干燥機的運行能達到預期的效果，冷凍干燥機的預凍及升華干燥都需要按照正確的方法來進行，下面我們來仔細說說。
一、冷凍干燥機的物料預凍
①啟動循環管道泵，循環大約10秒鐘。
②啟動制冷壓縮機，啟動10秒鐘后打開干燥倉電磁閥。
③捕水器降溫：當制品溫度達到工藝要求的溫度(按品種而定)并保持1小時使每塊板的測溫探頭都達到這個溫度(一般要-35℃～-40℃)，將干燥倉電磁閥關閉，打開捕水倉電磁閥，這時制冷壓縮機對捕水器進行降溫。
二、冷凍干燥機的升華干燥
①抽真空：等后箱捕水器溫度降至-40℃以下并保持一段時間，然后打開真空泵1#、2#，這時真空泵對整個系統進行抽真空。
②待整個系統的真空度達到10Pa以下時，通過隔板下的加熱系統對產品緩緩加溫，供給制品在升華過程中所需的熱量，使凍結產品的溫度逐漸升高至工藝控制點。
1.解析干燥
①在凍干過程中，升華階段用去了大部分干燥時間。當產品中得凍結冰已不存在時，升華階段應結束了，但制品中還剩下5%—10%的水份，并沒達到工藝要求，所以進行二次干燥。方法有兩種：
②提高板層溫度以增加供給熱量。
③提高干燥箱的壓力，以加快熱量傳送(也就是對凍干箱真空進行控制)，上限壓力可根據制品的凍干工藝進行設置(一般在10Pa—30Pa)。高真空保持時間要依據產品的含水量要求而定，較高許可溫度要根據產品的特性而定，一般在較高許可溫度下保持2小時左右，即可出料。
2.凍干結束
①依次關閉真空泵、制冷壓縮機、捕水倉電磁閥、電加熱、循環管道泵
②打開放氣閥，使箱內壓力恢復大氣壓。
③制品出箱后，關閉冷卻水循環泵，關閉電源開關。
3.捕水倉除霜
①捕水倉除霜可以與干燥倉的進出料同時進行。
②打開捕水倉放氣閥(即溢流閥)將捕水倉放至大氣壓，然后打開化霜水進水閥，
接通化霜水，當水達到溢流口處，水從溢流口流出時迅速關掉化霜水開關，保持一段時間后，可將水放掉，根據化霜水的溫度和結霜的厚度，直至*的化霜排盡捕水倉中的存水。化霜結束后應使閥門復位。
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