選擇一種恰當的質粒是影響基因表達的關鍵因素。請看牛流行性腹瀉病毒PCR-熒光探針試劑盒嘗試利用10種不同的質粒構建成的融合質粒表達相同的蟲熒光素酶報告基因，這10種融合質粒表達出的蟲熒光素酶基因的表達水平各異。ELISA試劑盒告訴您影響基因表達的質粒因素。蟲熒光素酶報告基因表達水平依賴于空載質粒的類型。以上是蟲熒光素酶報告基因在THP1和HUVEC細胞中在4小時、24小時和48小時中的表達水平。在THP1細胞中，質粒DNA的量為0.3-0.5μg。HUVEC細胞中質粒DNA的量為2.5-4.4μg。
啟動子的類型是否適用于現在的細胞類型？ELISA試劑盒展示了在不同的細胞類型中啟動子的強度時不同的。盡管CMV在大多數哺乳動物細胞中屬于較強的啟動子，但是另外的啟動子可能會在我們研究的這種細胞中有較強的表達(例如BHK-21細胞中SV40啟動子)。
內含子
的基因表達需要基本的內含子的剪切，然而牛流行性腹瀉病毒PCR-熒光探針試劑盒這個觀點并不是總被大家認可。內含子的位置和強度會影響轉錄、mRNA的輸出和聚腺苷酸化。這樣，依賴于內含子的位置，內含子甚至會導致基因表達的降解。
IRES(內部核糖體進入位點)
內核糖體剪切位點質粒，啟動子驅動兩種基因的表達，一個是感興趣的克隆基因(經常是處在上游基因)，另一個是報告基因，通常編碼GFP蛋白。IRES質粒表達的mRNA是雙順反子信使，意味著兩個基因都在相同的mRNA分子上。兩種基因的雙順反子數量是一樣的，但是兩種基因的翻譯起始水平存在極大的不同。核糖體結合上游基因的起始位點是相當有效的，然而IRES卻會讓核糖體與下游基因的結合和翻譯處于一個較低的水平。下游基因通常是GFP，因此GFP的表達水平就會低于沒有IRES序列的質粒表達。而通常沒有IRES序列的GFP質粒的表達水平我們認為是正常的?？梢酝ㄟ^構建兩種基因的融合質?；蛘吖厕D染實現表達相同數量的感興趣的蛋白和GFP蛋白。
ELISA試劑盒質粒的大小在實驗室中我們通常會使用4-7kb的質粒，而Lonza的Nucleofection可以轉染長至20kb的質粒。若是更長的質粒可能會導致轉染效率的降低。通常的規則是，牛流行性腹瀉病毒PCR-熒光探針試劑盒質粒長度越長，越難進入到細胞內。這個規則適用于電穿孔的方法以及脂質體介導的方法。