PIXUL™多樣本一體式超聲儀

    ——升級(jí)到PIXUL，實(shí)現(xiàn)染色質(zhì)，DNA，RNA和蛋白質(zhì)的真正可重復(fù)剪切

NGS應(yīng)用如ChIP-Seq，RNA-Seq，RIP-Seq，外顯子測(cè)序和全基因組測(cè)序，需要精確的樣品片段化（200-600 bp）處理才能與短讀長(zhǎng)的測(cè)序平臺(tái)兼容。與酶切方法相比，物理超聲剪切具有無(wú)序列偏好性和產(chǎn)生相對(duì)較窄的片段分布的優(yōu)點(diǎn)，因此做為樣品片段化處理的優(yōu)先選擇。

然而，目前市場(chǎng)上可用的大多數(shù)的超聲處理系統(tǒng)與高通量樣品處理不兼容，或者需要昂貴的專用耗材。 PIXUL可同時(shí)處理96個(gè)樣本，并且產(chǎn)生穩(wěn)定一致的剪切效果的多樣本超聲破碎儀。此外，PIXUL還具有操作簡(jiǎn)單快速，價(jià)格低廉的優(yōu)點(diǎn)。

PIXUL多樣本超聲破碎儀
 

• 同時(shí)平行處理1-96個(gè)樣本以消除NGS應(yīng)用中樣本高通量剪切處理的瓶頸

• 單個(gè)96孔板上最多可以同時(shí)運(yùn)行12種不同的超聲處理?xiàng)l件，從而可以同時(shí)處理多種類型樣品，或者快速優(yōu)化處理樣品的超聲條件
• 與純化提取樣品、細(xì)胞或組織的染色質(zhì)、DNA、RNA和蛋白兼容
• 價(jià)格低廉的耗材使樣品處理費(fèi)用保持低水平
• 短至15分鐘的耦合流體循環(huán)避免了冗長(zhǎng)的水脫氣過(guò)程，根據(jù)樣本類型和應(yīng)用的不同，PIXUL處理多達(dá)96個(gè)樣品的超聲時(shí)間僅需10-30分鐘。
• 與PIXUL多樣本DNA打斷儀一起使用的低成本圓底板可直接與細(xì)胞培養(yǎng)和剪切兼容，從而消除了樣品轉(zhuǎn)移步驟帶來(lái)的不方便和樣本損失。

PIXUL 多樣本超聲破碎儀樣本處理數(shù)據(jù)展示


數(shù)據(jù)1，PIXUL提供極其穩(wěn)定一致的基因組DNA剪切效果
為了測(cè)試PIXUL 多樣本超聲破碎儀超聲處理結(jié)果的一致性，將純化的基因組DNA加到PIXUL 96孔板的所有孔中進(jìn)行超聲處理，處理結(jié)束后通過(guò)片段分布檢查超聲處理的一致性和效率。在整個(gè)96孔板上觀察到高度一致的平均片段長(zhǎng)度和標(biāo)準(zhǔn)差，如下圖。

                          

數(shù)據(jù)2. PIXUL提供比競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手C更優(yōu)質(zhì)的染色質(zhì)剪切效果
剪切片段大小分布相對(duì)較窄且穩(wěn)定一致的剪切效果對(duì)ChIP-Seq研究是非常有幫助的，因?yàn)檫@樣可以提高轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合
位點(diǎn)或組蛋白翻譯后修飾位置的分辨率。為了評(píng)估不同的多樣本超聲儀之間的染色質(zhì)超聲處理一致性，我們將PIXUL與市面常見(jiàn)的競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手C超聲處理系統(tǒng)進(jìn)行了比較。與競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手C相比，PIXUL在染色質(zhì)剪切方面表現(xiàn)出更高的一致性。



數(shù)據(jù)3. 與競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手D相比，PIXUL可實(shí)現(xiàn)更一致的超聲處理和更高的染色質(zhì)回收率
PIXUL 96孔板可與細(xì)胞培養(yǎng)，固定和超聲處理步驟兼容，因此無(wú)需將樣品從培養(yǎng)板轉(zhuǎn)移到超聲板，并且無(wú)需擔(dān)心樣品丟失的風(fēng)險(xiǎn)。與競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手D相比，PIXUL在超聲處理后顯示出更緊密的染色質(zhì)片段大小分布，以及更高的染色質(zhì)回收率（數(shù)據(jù)未顯示）。




數(shù)據(jù)4. 僅需要競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手C的小部分成本，PIXUL就能提供與之相當(dāng)?shù)耐怙@子測(cè)序結(jié)果
在外顯子測(cè)序?qū)嶒?yàn)中比較PIXUL與競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手C的表現(xiàn)。該實(shí)驗(yàn)需要首*行DNA剪切。使用500 ng起始DNA，用PIXUL或競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手C剪切樣品，構(gòu)建文庫(kù)，富集外顯子并測(cè)序。分析的幾種測(cè)序指標(biāo)表明PIXUL儀器生產(chǎn)的外顯子文庫(kù)性能與競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手C相當(dāng)，而PIXUL及耗材成本僅為競(jìng)爭(zhēng)產(chǎn)品C的一小部分。