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當選購二氧化碳培養箱時，有兩種類型的加熱結構可供選擇：氣套式加熱水套式加熱。雖然這兩種加熱系統都是和可靠的，但是它們都有著各自的優點和缺點。
水套式培養箱是通過一個獨立的熱水間隔間包圍內部的箱體來維持溫度恒定的。
而氣套式加熱系統是通過箱體內的加熱器直接對箱內氣體進行加熱的。氣套式設計在箱門頻繁開關引起的溫度經常性改變的情況下能夠迅速恢復箱體內的溫度，因此，，，，氣套式與水套式相比，具有加熱快、溫度的恢復比水套式培養箱迅速的特點，，特別有利于短期培養以及需要箱門頻繁開關的培養。此外，，，，對于使用者來說氣套式設計比水套式更簡單化，水套式需要對水箱進行加水，清空和清洗，并要經常監控水箱運作的情況。在購買氣套式培養箱時，要注意的是：為了不影響培養，培養箱還應該有一個風扇以保證箱內空氣的流通和循環，此裝置還有助于箱內溫度、CO2和相對濕度的迅速恢復。
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