X射線熒光光譜法的定量分析是以熒光X射線的強度為依據的，因此，一切影響X射線熒光光譜儀射線強度的因素都必將影響分析的度。
1.熒光光譜儀基體效應
基體效應包括吸收效應及增強效應兩種效應。
吸收效應包括基體對入射X射線的吸收及對熒光X射線的吸收。因為用入射X射線激發樣品時，它不只是作用于樣品表面而且能穿透一定的厚度進入樣品內部，同樣，樣品內部分析元素產生的熒光X射線，也必須穿過一定厚度的樣品才能射出。顯然，在穿透過程中，這兩種X射線都會因基體元素的吸收而使其強度減弱，入射X射線強度的減弱會影響對分析元素的激發效率，而X射線熒光強度的降低則直接影響分析度。
若入射X射線使某基體元素激發所產生的熒光X射線的波長稍短于分析元素的吸收邊，它便會使分析元素ipA發產生二次熒光X射線，從而使分析元素的熒光X射線強度增強，這就是墓體的增強效應。
2.熒光光譜儀不均勻效應
不均勻效應系指樣品顆粒大小不均勻及樣品表面光潔度對熒光X射線強度的影響。對于粉末樣品，大顆粒吸收效應強，小顆粒吸收效應弱，因此，要求顆粒粒度盡量小一些，以減少對X射線的吸收。測員短波X射線時，一般要求粒度在250目以上，‘測量波長大于0.2nm的長波x射線時，則要求粒度在400目以上。
固體塊狀試樣的喪而一定要磨平拋光，對粉末試樣則要求壓實并使表面平滑。粗糙表面會使熒光X射線的強度明顯下降。測量短波X射線時，要求光潔度在1005m左右，測量長波X射線時，光潔度為20-50Mm.
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