故障一：系統壓力降低或無壓力
在離子色譜儀的使用過程中，如果系統發生泄漏了，就會造成系統壓力的降低。發生這種情況，我們需要仔細檢查離子色譜儀各個接頭是否已擰緊，如有松動，請立即擰緊。此外，當系統流路中有大量氣泡存在，進入泵內形成空穴，啟動泵后系統壓力無顯示，亦無溶液流出，此時我們要做的就是想將泵停止運行，并擰松蠕動泵的螺絲，使用注射器抽出氣泡即可，然后再次啟動泵。

故障二：系統壓力升高
一般來說，在離子色譜儀使用之前，需要將高壓極限壓力設定好，一般范圍為15MP左右。為了防止離子色譜儀由于高壓出現問題，系統在升至高壓極*會自動關閉，當壓力超過正常壓力的30%時，則可以認定壓力不正常。壓力的升高與以下因素有關：
1、當有機溶劑與水混合時，由于溶液的黏度，密度變化壓力亦會升高；
2、某段管子堵塞造成系統壓力突然升高。逐段檢查，更換；
3、當流速超過正常壓力 0.7mL/min 時，壓力也會升高。

故障三：保留時間的延長或縮短
保留時間的變化會直接影響到待測組分的定性和定量，影響離子色譜保留時間穩定的因素有：
1、離子色譜儀又不見在使用時街頭沒有擰緊，存在漏液現象；
2、系統內有氣泡使得泵不能按設定的流速傳送淋洗液；
3、使用的碳酸氫鈉和碳酸鈉的淋洗液放置時間過長。