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以下是菌種目錄
福氏志賀氏菌 CMCC（B ） 51572
宋氏志賀氏菌 CMCC（B） 51592
陰溝腸桿菌 CMCC（B） 45301
腸埃希氏菌 CMCC（B） 44103
單核增生性李斯特氏菌 CMCC（B） 54002
已型副傷寒沙門氏菌 CMCC（B） 50094
枯草芽孢桿菌 CMCC（B） 63501
小腸結腸炎耶爾森氏菌 CMCC（B） 52204
粘質沙雷伯氏菌 CMCC（B） 41002
產氣腸桿菌 CMCC（B） 45103
肺炎克雷伯氏菌 CMCC（B） 46117
蠟樣芽孢桿菌 CMCC（B） 63301
短小芽孢桿菌 CMCC（B） 63202
銅綠假單胞菌 CMCC（B） 10104
大腸埃希氏菌 CMCC（B） 44102
鼠傷寒沙門氏菌 CMCC（B） 50115
黑曲霉 CMCC（B） 98003
大腸埃氏菌 8099
非01 霍亂弧菌 Vb0
傷寒沙門氏菌 CMCC（B） 50071
德氏乳桿菌保加利亞亞種 CICC 6045
乳鏈球菌 CICC 6016
瑞士乳桿菌 CICC 6024
巴氏醋桿菌巴氏亞種 CICC T006
丙酮丁醇梭菌（丙酮丁醇桿菌） CICC 8011
白球擬酵母 CICC 1040
粉狀畢赤酵母 CICC 1688
斯氏油脂酵母 CICC 1715
貝酵母 CICC 1408
綠色木霉=木素木霉 CICC 13015
康寧木霉 CICC 13012
紅曲霉 CICC 5036
平展米曲霉（米曲霉平展變種） CICC 2345
亮白曲霉 CICC 2360
泡盛曲霉 CICC 2253
泡盛曲霉 CICC 2252
泡盛曲霉 CICC 2254
米曲霉 CICC 2066
黑曲霉 CICC 2377
米曲霉 CICC 2080
米曲霉 CICC 2412
米曲霉 CICC 2014
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