在2022年3月舉行的美國人類蛋白質組組織(US HUPO)年會上，來自位于馬薩諸塞州弗雷明翰的SCIEX科學家們提供了原始數據證明，該公司由生命科學*頭Danaher所有，該公司的Echo MS系統可以每秒檢測多達三個樣本，應用于肽段定量工作流程分析肽段，該工作流程利用穩定同位素標記并通過抗肽抗體（SISCAPA）捕獲肽段。

SCIEX液相和集成解決方案高級總監Gavin Fischer表示，該公司現在開始使用基于上述系統，開發肽段定量應用。他補充道，雖然其最初的目標是生物制藥工作流程中的肽段定量，但也可以擴展到蛋白生物標記物研究。Fischer說，公司研究人員在方法開發過程中，使用了一組來源于SARS-CoV-2核衣殼蛋白的20個肽段。

Echo MS系統是SCIEX和Labcyte合作開發的，該系統使用聲波激發液體處理將樣品快速噴射到質譜儀中。SCIEX于2020年推出該系統，并已將其主要用于小分子分析方法。在美國HUPO上的詳細工作展示，旨在表明該系統也可用于分析肽段和蛋白質等大分子。

Echo MS系統可能會引起蛋白生物標記物研究人員的興趣，因為它將允許進行超高通量實驗。例如，Fischer指出，在探索使用該設備進行肽段測定的第一個項目中，SCIEX團隊在含有約100個肽段的β-半乳糖苷酶蛋白質的消化物中定量了一對β-半乳糖苷酶肽段。通過Echo MS系統，能夠在5小時內對10260個樣本中的2種肽段進行定量。如果使用傳統的液相色譜質譜儀進行同樣的實驗，需要運行大約7分鐘的液相色譜梯度，那么幾乎需要50天的全天候質譜檢測工作。“我們正在研究高通量肽段定量，”Fischer說，并指出研究人員將系統設置為每1.5秒分析一個樣本。“我們在整個樣品板上獲得了很好的重現性，很好的變異系數。”

SCIEX團隊遵循最初的Echo MS系統工作流程，使用SISCAPA工作流程進行實驗，該工作流程使用前期抗體富集目標肽段來測定20個SARS-CoV-2肽段。SCIEX首席應用科學家兼該項目負責人Christie Hunter在一封電子郵件中表示，SISCAPA是一種很有前途的利用Echo MS系統進行蛋白定量的技術，因為前期抗體富集足以簡化樣品，使其在無需液相分離的情況下即可進行分析。

她指出：“這里的關鍵是找到正確的前期樣品制備方法，簡化蛋白組學樣品，從而使液體流動注射方法可行。” “目標肽段的抗體富集非常引人注目方法，是與Echo MS系統配對的合適樣品制備工作流程，高度自動化，執行速度快，制備出高度富集的樣品，并且可以根據目標蛋白的靈敏度進行調整。” 她補充說，這樣的工作流程“可以針對那些有大量蛋白質組樣本需要分析并想要定量一小部分蛋白質的實驗室。”

Fischer說，研究人員研究了20種肽段的定量限(LOQ)，發現該系統采用比較靈敏的肽段分析方法平均LOQ為1 fmol/µL，可將其目標分析物定量至0.4 fmol/µL至3.7 fmol/µL。“[美國HUPO]的演示，非常有力地證明了我們的儀器可以做非小分子的工作，”他補充說，公司現在計劃“在Echo MS系統上測試更大的分子和不同質量的分子，并在更多的工作流程擴展到更多的市場時，向客戶演示該系統實用性。”

當被問及該系統是否可以用于血漿中肽段的靶向定量等應用時，Fischer表示，公司尚未通過實驗證明這一點，但“有理論證據相信這個應用可以實現。”他指出，SCIEX已證明該系統能夠定量血漿中的小分子。

他說：“我們正致力于將[這項技術]應用到更多不同的基質中，并探索更大尺寸的包膜蛋白分析，從肽段到完整蛋白。” “我們將繼續打破所有這些研究方向的邊界。”公司將尋求將該技術應用于其他市場，包括潛在的蛋白質生物標志物研究。

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