熒光定量PCR因操作方便、運行速度快、實驗結果準確，受到越來越多的分子生物學研究者青睞。想要選擇一款適合自己需求的熒光定量PCR儀時我們該關注些什么呢？
1.儀器的檢測通量
在購買定量PCR儀的時候要根據實驗實的需要來選擇不同通量的儀器。目前市面上的熒光定量PCR的檢測通量小到16個多到384個。如果進行一般的基因表達研究或病原體檢測，實在不必購買昂貴的儀器，96孔的通量足夠用；需要尋找要新藥靶點和疾病標記的實驗室可以考慮購買384孔板的儀器。假如經費有限無法購買384孔板儀器的實驗室，可以考慮購買運行速度快（帶有FAST模塊）的96孔板熒光定量PCR儀。有了高通量的儀器，你會發現樣品的制備和小體系、多樣本的PCR體系構建成為限制實驗速度和結果的頸瓶。所以高通量的實驗室往往需要進一步的自動化儀器，只要“按一下鈕”，儀器就會自動處理樣品、純化核酸和制備PCR模板。
2.多重擴增的能力
多重擴增越來越熱。實時定量PCR儀也不能幸免。定量PCR儀擁有多個檢測通道，因而儀器就可以檢測同一個樣品槽里多個模板的擴增過程。不過多重擴增并非人人適用，因為它使實驗復雜化了。
3．軟件
當你準備選擇一臺定量PCR儀，你必須要檢測附帶的軟件。使用方便嗎，是否可以進行你所需要的分析，輸出格式有幾種。不過，你需要留意，太容易使用的軟件是不是功能比較簡單而無法進行復雜計算，以前的軟件還需要你做進一步分析，新的軟件已經可以處理一切了。除了基本功能，部分軟件還可以有更多的功能，比如引物和探針設計、多重分析設計、背景校正、數據歸一化等等。
4.靈活性
大規模繁忙的實驗室設備先進固然令人羨慕，常規的實驗室同樣可以有精彩的選擇。現在的供應商都擁有眾多的技術專家，不單了解你的目前需要，還非常周到地為你考慮了以后可能的需求變化，比如提供多種可升級配件和模塊。當實驗室需要較大規模實驗時，可以非常經濟地升級，從1個增加到6個基本模塊，也就是96樣品孔。雖然不能用96孔板，但是當一個學生開始小量實驗，其他人還可以隨時插進去開始自己的獨立實驗，而且互不干擾，就是增加了靈活性。對于剛開始只做少量實驗而且預算較緊張的實驗室來說是非常靈活的選擇。
5.不確定性
盡管軟件可以做部分修正，購買一臺系統誤差較少的儀器，無需那么多計算修正總比靠計算修正好。要特別注意儀器樣品孔之間的差異性。除了樣品孔之間的溫度差異，還有樣品孔和檢測探頭之間光程距離、負責收發和傳遞信號的光纖長度的微小差別、透鏡和樣品孔間的距離和角度的微小差別、甚至樣品槽對信號傳遞的影響。很多時候，不同樣品孔之間會有不同的結果。
6.試劑盒的選擇
盡管銷售人員會吹噓有出色質量控制的試劑盒和解決方案就會得到一至的結果，但購買現成的試劑盒并不是解決差異性的辦法。認真的評估實驗和分析實驗才是解決之道。
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