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逆轉錄-聚合酶鏈反應 (Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction，RT-PCR) 的原理是：提取組織或細胞中的總 RNA，以其中的 mRNA 作為模板，采用 Oligo（dT） 或隨機引物利用逆轉錄酶反轉錄成 cDNA。再以 cDNA 為模板進行 PCR 擴增，而獲得目的 基因或檢測基因表達。RT-PCR 使 RNA 檢測的靈敏性提高了幾個數量級，使一些極為微量 RNA 樣品分析成為可能。

一、反轉錄酶的選擇

1． Money 鼠白血病病毒（MMLV）反轉錄酶：有強的聚合酶活性，RNA 酶 H 活性相對 較弱。最適作用溫度為 37℃。

2．禽成髓細胞瘤病毒（AMV）反轉錄酶：有強的聚合酶活性和 RNA 酶 H 活性。最適作用 溫度為 42℃。

3．Thermus thermophilus、Thermus flavus 等嗜熱微生物的熱穩定性反轉錄酶：在 Mn2+存在下，允許高溫反轉錄 RNA，以消除 RNA 模板的二級結構。

4．MMLV 反轉錄酶的 RNase H-突變體：商品名為 Superscript 和 SuperScriptⅡ。此種 酶較其它酶能多將更大部分的 RNA 轉換成 cDNA，這一特性允許從含二級結構的、低溫反 轉錄很困難的 mRNA 模板合成較長 cDNA。

二、合成 cDNA 引物的選擇

1． 隨機六聚體引物：當特定 mRNA 由于含有使反轉錄酶終止的序列而難于拷貝其全長序列時，可采用隨機六聚體引物這一不特異的引物來拷貝全長 mRNA。用此種方法時，體 系中所有 RNA 分子全部充當了 cDNA 第一鏈模板，PCR 引物在擴增過程中賦予所需要的 特異性。通常用此引物合成的 cDNA 中 96%來源于 rRNA。

2． Oligo(dT)：是一種對 mRNA 特異的方法。因絕大多數真核細胞 mRNA 具有 3’端 Poly(A+)尾，此引物與其配對，僅 mRNA 可被轉錄。由于 Poly(A+)RNA 僅占總 RNA 的 1-4%，故此種引物合成的 cDNA 比隨機六聚體作為引物和得到的 cDNA 在數量和復雜性 方面均要小。

3． 特異性引物：最特異的引發方法是用含目標 RNA 的互補序列的寡核苷酸作為引物， 若 PCR 反應用二種特異性引物，第一條鏈的合成可由與 mRNA 3’端最靠近的配對引物起 始。用此類引物僅產生所需要的 cDNA，導致更為特異的 PCR 擴增。