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實時熒光定量PCR（Real-time Quantitative PCR, qPCR）的化學原理主要包括兩種類型：探針類和非探針類。其中，探針類方法具體包括：

TaqMan 探針法：

原理：在PCR反應體系中，加入一對引物的同時再加入一個特異性的熒光探針。探針兩端分別標記一個熒光報告基團和一個淬滅基團。探針完整時，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收，PCR儀檢測不到熒光信號；PCR擴增時，Taq酶的5' - 3'外切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測系統可接收到熒光信號，實現了熒光信號的累積與PCR產物形成全同步，這是定量的基礎。

優點：具有高度特異性，重復性好，熒光信號強，適合進行基因拷貝數的確定，尤其是在臨床診斷中，如病毒和病原菌定量檢測。

缺點：只適合一個特定的目標，探針價格較高。

 

分子信標技術：

原理：分子信標是一種發夾結構的熒光探針，兩端分別標記有報告基團和淬滅基團。在游離狀態下，報告基團與淬滅基團靠近，熒光信號被淬滅。當與目標序列結合時，發夾結構打開，報告基團與淬滅基團分離，發出熒光信號。

優點：具有高度特異性，能夠區分成熟microRNA分子和前體分子以及其它成熟microRNA的同源分子，適用于高通量的SNP檢測。

缺點：設計復雜，需要特定的序列信息。

 

FRET（熒光共振能量轉移）技術：

原理：利用兩個熒光基團之間的能量轉移來檢測PCR產物。一個基團作為供體，另一個作為受體。當它們在一定距離內時，供體的熒光能量可以轉移到受體，產生特定的熒光信號。

優點：可以實現多重反應，適用于同時檢測多個基因。

缺點：設計和應用相對復雜。

 

這些探針類方法通過特異性地結合或檢測PCR產物，提供了高度的特異性和準確性，但通常需要設計特定的探針，且成本相對較高。