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公司動(dòng)態(tài)

選擇性分析寄生蟲的新技術(shù)

閱讀:243          發(fā)布時(shí)間:2016-7-14

    ELISA試劑盒這些寄生蟲都?xì)w在一個(gè)叫Laverania的亞屬。這個(gè)亞屬包括7種瘧原蟲,其中6種寄生于猿(黑猩猩和大猩猩),1種寄生于人體。與導(dǎo)致人類瘧疾的惡性瘧原蟲(Plasmodium falciparum)親緣關(guān)系z(mì)ui近的種類只存在于大猩猩中,不過研究人員無(wú)法獲得血液樣本,因?yàn)榇笮尚墒鞘鼙Wo(hù)動(dòng)物。

因此,研究人員決定把重點(diǎn)放在黑猩猩的寄生蟲上。盡管黑猩猩也是受保護(hù)的物種,但研究人員使用了體檢后剩余的血液樣本。由于樣本量很少,他們只好想方設(shè)法,選擇性擴(kuò)增寄生蟲的基因組。

這項(xiàng)技術(shù)利用專門設(shè)計(jì)的引物和phi29聚合酶,這種引物與瘧原蟲中常見但宿主基因組中少有的DNA motif結(jié)合。研究人員對(duì)P. gaboni和P. reichenowi基因組進(jìn)行選擇性擴(kuò)增,并在Illumina的MiSeq平臺(tái)上測(cè)序。

之后,研究人員開展全基因組分析,發(fā)現(xiàn)他們能夠創(chuàng)建三個(gè)全基因組,除了亞端粒區(qū)域,這可能要?dú)w結(jié)為組裝的問題,而不是擴(kuò)增。研究人員表示,他們希望未來(lái)能使用Pacific Biosciences的技術(shù),因?yàn)楦L(zhǎng)的讀取將改善組裝。

他們發(fā)現(xiàn),這些基因組實(shí)際上的確代表了以前未證實(shí)的不同物種,并且沒有任何跨物種交配的證據(jù)。研究人員觀察到,這兩種寄生蟲的遺傳多樣性大約是惡性瘧原蟲的10倍,這表明人類寄生蟲已經(jīng)經(jīng)歷了一個(gè)嚴(yán)重的遺傳瓶頸。

值得注意的是,研究人員發(fā)現(xiàn)了一個(gè)多基因家族的Laverania特異擴(kuò)增,這個(gè)家族與紅細(xì)胞重構(gòu)有關(guān)。他們還發(fā)現(xiàn),4號(hào)染色體上一段短區(qū)域被水平轉(zhuǎn)移到惡性瘧原蟲的祖先上,這段區(qū)域編碼了兩個(gè)功能相關(guān)的必要侵襲基因。

研究人員認(rèn)為,這種選擇性全基因組擴(kuò)增方法不僅能研究稀有物種的寄生蟲,還有其他的潛在應(yīng)用。在資源匱乏的情況下,研究人員手頭沒有任何材料純化寄生蟲,只能獲取少量血液,這時(shí)也可以采用。

FAT    鈣粘蛋白家族成員7抗體                
FNDC5    Ⅲ型纖維連接蛋白域蛋白2/5抗體                
Filamin A    細(xì)絲蛋白A抗體                
phospho-Filamin A (Ser2151)    磷酸化細(xì)絲蛋白A抗體                
phospho-Filamin A(Ser2522)    磷酸化細(xì)絲蛋白A抗體                
FANCG    DNA損傷修復(fù)基因XRCC9抗體                
phospho-FLNA (Tyr1046)    磷酸化細(xì)絲蛋白A抗體                
phospho-FXYD1 (Ser83)    磷酸化磷酸神經(jīng)膜抗體                
Phospho-FGFR1+FGFR2 (Tyr463)     磷酸化堿性成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體1抗體                
phospho-FXYD1 (Ser88)    磷酸化磷酸神經(jīng)膜抗體                
FOXN1    叉頭蛋白N1抗體                

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