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手把手教你做出RT-qPCR最美曲線系列:1.1提取高品質RNA

2021-8-6  閱讀(657)

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手把手教你做出RT-qPCR最美曲線系列:1.1提取高品質RNA



RNA提取是RT-qPCR實驗成功的首要步驟,RNA的質量直接關乎RT-qPCR實驗的結果。但是在實驗過程中我們經常會碰到RNA提取實驗翻車的情況,主要是因為RNA的分子結構不穩定和無處不在的RNase對RNA的降解造成的。


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由此可見,想要提取到高質量的RNA并非易事。今天,小翌主要從樣本選擇、樣本采集與保存、RNA提取這三個方面來闡述RNA提取過程需注意的關鍵要點,以輔助后續的qPCR實驗順利進行。



樣本的選擇




樣本最好選擇處于生長旺盛期的新鮮細胞,新鮮、生長旺盛的動物組織,新鮮幼嫩的植物組織。


樣本采集和保存




?  快速處理:獲取樣本后,最好立即提取RNA,或者在液氮中速凍樣本≥1h,之后凍存于-80℃冰箱。
注:液氮速凍需確保組織塊足夠小,在浸入液氮后幾乎立即凍結,以確保RNase瞬間失活,穩定樣本中的RNA。
    
?  RNA穩定液處理:若采樣不方便攜帶液氮,可將樣本放入RNA穩定液中,迅速滲入組織,滅活內源RNase,以穩定和保護樣本中的RNA。建議組織樣本大小<0.5 cm,保證RNA穩定液可滲透到組織內部。一般4℃保存過夜,之后凍存至-80℃冰箱。 (翌圣動植物組織RNA穩定液,持久保護組織RNA完好無缺,點擊可產看產品詳情→10604ES60


注:Trizol為裂解液,可用于保存細胞,但不適用于組織樣本保存。當細胞存放在Trizol中需注明每管的細胞數量。


其他Tips




? 避免環境中RNase的污染
1)實驗臺面最起碼要用75%的酒精擦拭干凈,操作過程中應佩帶手套和帽子等;
2)研缽等器具應在使用前于180℃的高溫下干烤6h或更長時間;槍頭和離心管等耗材要用 DEPC處理或購買RNase-free耗材;

? 避免試劑中RNase的污染
提取過程中用到的水/緩沖液要確保是RNase-free的。

? 提取RNA的過程需去除gDNA,避免其對后續RT-qPCR實驗的影響

? 根據樣本和實驗需求,選擇合適的RNA提取方法

常見的RNA提取方法




1.   沉淀法

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原理

Trizol中含有苯酚、異硫氰酸胍、β-巰基乙醇,可裂解樣本釋放核酸,并抑制RNase活性。加入氯仿離心分層,收集上清,經異丙醇沉淀得到總RNA


? 特點
得率高,樣本適用性廣泛,但是純度相對較低

? 推薦貨號

Trieasy (貨號:10606)



2.  離心柱法




? 原理

高鹽吸附、低鹽洗脫


? 特點
得率高 ,樣本適用性廣泛,但是純度相對較低

? 推薦貨號

培養細胞RNA提取試劑盒(貨號:19231
組織/細胞RNA提取試劑盒
貨號:19221
多糖多酚植物RNA提取試劑盒
貨號:19292





此,給大家介紹一款11min即可完成培養細胞RNA提取的的柱式提取試劑盒:培養細胞RNA提取試劑盒(19231)

? 產品特點:



? 案例展示:

使用培養細胞RNA提取試劑盒(19231)和O品牌常規細胞/組織RNA提取試劑盒各提取2份293T細胞(10^6個細胞)的總RNA。結果顯示,該試劑盒提取到的目標RNA產量一致,但純度更高,如表1和圖2。


表1. Nanodrop測定RNA濃度

備注:Y1Y2代表培養細胞RNA提取試劑盒(19231);O1,O2代表O品牌常規細胞/組織RNA提取試劑盒


▲ 2a.hGAPDH擴增結果

▲ 2b.hBC6擴增結果


2. 培養細胞RNA提取試劑盒的定量結果與O品牌基本一致1 μL洗脫液反轉錄,以cDNA10倍稀釋液為模板,定量測試 hGAPDH  和 hBC6  2個基因


綜上,小翌從樣本選擇、樣本采集與保存、RNA提取這三個方面闡述了提取高質量RNA的關鍵要點,下期小翌將講解RNA質量評估以及RNA降解對qPCR實驗結果的影響等方面的內容,我們下期不見不散~


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