液相色譜儀最常見的故障一是堵，二是漏。下面就這兩點分別展開討論。（注：流動相以甲醇為例，色譜柱以C18為例）“堵"的表現現象就是柱壓異常升高，直接原因就是流路不暢。

堵塞的主要位置就是在色譜柱的前端，最主要原因就是流動相里有雜質，雜質的主要來源就是細菌。  

首先我們要認識到，一般的國產甲醇其實不需要額外過濾處理，直接使用沒有問題。即使是有些固態微粒雜質，也能在液相流路系統最前端的過濾頭上排除，真正容易引起問題的，是水中的細菌。新制備的純水在室內放置幾天就會長菌，而這些細菌雖然肉眼不可見，卻足以堵塞柱填料顆粒的空隙，造成柱子很快報廢。

解決它的方法很簡單，就是確保水的可靠性。這里有兩種方式推薦：
（1）當然是購買實驗室專用純水機，既方便又可靠，質量也放心。缺點就是價格不菲。

（2） 成箱購買市售品牌純凈水，如500ml 一支的怡寶或娃哈哈，這些水的質量足以應付液相色譜的要求。

這里特別指出一個細節：在絕大多數書本上，凡談到配制流動相都會談到最后有一個過濾的步驟。

從使用的實際情況來看有幾點需要注意:
（1）流動相過濾實際操作時由于不可能做到專瓶專用，容易造成的交叉污染，對于配比復雜的流動相影響更大。所以用完后一定要沖洗干凈。用前不放心的話也可以沖洗下。

指的是：流動相剛開始沒有長菌，在使用時卻產生了細菌污染。這主要是在使用多元液相色譜儀時的一種不良使用習慣造成的。
舉例子：50％的甲醇水流動相，有兩種使用方式。一種方式是在上機前就配好混合在一起，另一種方式是在流路A放純甲醇，流路B放純水。
從單純實驗效果來說，后一種有明顯的優點：首先是簡單，不需要實驗者另個計算配比混合，其次就是比例準確，能得到保留時間重復性的實驗效果。
但是，它有一個致命的缺陷，就是純水在流動相瓶中幾天時間就會長細菌（很多情況下不僅僅用純水作流動相，而是用緩沖鹽溶液，本身就是優質肥料，細菌長得更迅速），一旦有細菌柱子就壞得很快。所以這種方式要求操作人員每次實驗都要用新制備的純水，更要求在每次實驗后把水相換掉，換成甲醇沖洗干凈，這一點在實際工作中很多人意識不強，就是意識到了但多次使用中總有一兩次會遺漏，但是往往這一兩次就足以產生致命的影響。因為液相色譜柱的堵塞是不可逆的。
"堵"的原因之三：不適當操作。
常見問題的有以下幾種：
（1）在更換零件時選擇的型號有誤，或者管線材質不達標,接口不是很匹配，在擰緊的時候產生變形而使得管路堵塞。
（2）樣品處理液凈化得不干凈，長期會在六通閥和柱之間形成阻塞不暢。
（3）在使用手動六通閥時，有些人可能由于手勁小的原因，轉動的不到位，于是造成流路形成了死堵，壓力快速升高超過警戒值.自動進樣的情況類似，若六通閥卡死，也會形成死堵,導致超壓          （2）使用儀器不當
如果是輸送泵漏液，最常見的原因就是在活塞位置緩沖鹽析出造成。