1．將已經過濾并脫氣的流動相注入儲液罐。
2. 用流動相沖洗金屬過濾器，然后將過濾器浸入儲液罐的流動相中。
3. 將儲液罐放置在一定的高度，以避免由于搬運和其他操作人員的移動而造成不必要的跌落。
4. 然后按以下順序依次啟動高效液相色譜儀：泵→檢測器→高效液相色譜軟件→按預先計劃的方法設置軟件參數。
5. 啟動泵，運行5分鐘，主要是為了排除系統中的氣泡，結束后關閉所有排氣閥。
6. 然后按照預先計劃的速度，以固定的速率，如1mL/min左右，運行流動相，走基線，直到基線平穩，就可以在計算機軟件上進行監視。
7. 基線平穩后，在軟件中設置樣品的運行參數，如流速和分析時間等。分析時間會因樣品、流速、柱長等因素變化。
8. 參數設置完畢后，將固定體積的樣品溶液注入進樣閥，然后在軟件中啟動注入命令，進樣器中的樣品溶液就隨流動相進入色譜柱。
9. 通過軟件監視各項讀數，當檢測器檢測到樣品所有峰值，停止運行并設置新的進樣。在下一個樣品分析前，建議留出5-10分鐘，待流動相通過色譜柱，以便清洗之前樣品的殘留物；確認基線穩定后，進行下一次注射。
10. 分析結束后，先關閉檢測器，然后關閉泵，最后關閉軟件。
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