不管黑貓白貓，抓到老鼠就是好貓，對純化來講亦如此，能拿到純度好的蛋白，符合純化要求就是硬道理。不同蛋白純化工藝不同，即使相同的原料也有不同的純化方案。蛋白質純化方法的選擇主要是利用不同蛋白質之間的相似性與差異，依據蛋白之間的相似性可以去除非蛋白物質，在根據蛋白的差異性將目的蛋白分離出來，所以要取得好的純化結果所可以采用的策略及原則卻是共通的。
1. 針對不同的產物表達形式采用不同的策略：
a) 融合型表達重組蛋白，一般胞內可溶性的，擬選用親和層析進行純化；
b) 分泌型表達的重組蛋白，通常體積大、濃度低，因此應在純化之前采用沉淀或超濾等方法先進行濃縮處理；
c) 包涵體型表達的重組蛋白，應先離心回收包涵體；
d) 表達在細胞膜和細胞壁之間的間隙中的蛋白質，應用低濃度的溶菌酶，然后再用滲透壓休克法釋放重組蛋白。
2. 針對不同性質的重組蛋白選擇不同的層析類型：
a) 離子交換法（IEX）：等電點處于區域（PI≤5 或 PI≥8）的重組蛋白應選 IEX 進行分離，這樣很容易除去幾乎所有的雜蛋白。
b) 親和層析（AC）：重組蛋白特異性的配體、底物、抗體、糖鏈等都是親和層析純化的重要條件，原則是它們與目的蛋白之間的解離常熟應在合適的范圍內（10-8—10-4mol/L）
c) 疏水（HIC）和反相層析：根據蛋白質的疏水性差異進行分離的。
d) 凝膠過濾層析（GF）: 根據蛋白的分子量進行分離。
3. 每一種方法都有分辨率、處理量、速度和回收率之間的平衡：
a) 分辨率：由選擇的方法和層析介質生成窄峰的能力來完成。當雜質和目的蛋白性質相似是，在純化的zui后階段分辨率是選擇層析方法的重要考量標準。
b) 處理量：指在純化過程中目標蛋白的上樣體積和濃度等。
c) 速度：在初純化中是重要因素，此時雜質如蛋白酶必須盡快去除。
d) 回收率：隨著純化的進行漸趨重要，因為純化產物的價值在增加。
4. 多種分離純化技術聯合運用：
a) 選能除去含量zui多雜質的方法；
b) 盡量選擇的分離方法；
c) 將zui費時、成本zui高的分離純化方法安排在zui后階段。
d) 通過組合各種方法使純化步驟之間的樣品處理減至zui少，以避免需要調節樣品。*個步驟的產物的洗脫條件應適宜下一個步驟的起始條件。
e) 如果對目的蛋白的性質了解甚少的情況下，可采用 IEX-HIC-GF 的聯合運用作為標準方案。 常用層析方法的分離特點：
5. 重組蛋白分離純化的共同參考階段：
a) 捕獲階段：目的蛋白的澄清、濃縮和穩定。選擇對目的蛋白具有zui高選擇性或/和處理量的方法。
b) 中度純化階段：目標是除去大多數大量雜質，如其它蛋白、核酸、內毒素和病毒等。
c) 精純階段：除去殘余的痕量雜質和必須去除的雜質。
三階段純化策略中每一種方法的適用性：
| 主要特點 | 捕獲 | 中度純化 | 精純 | 樣品起始狀態 | 樣品zui終狀態 | |
| IEX | 高分辨率 高容量 高速度 | ★★★ | ★★★ | ★★★ | 低離子強度 樣品體積不限 | 高離子強度或pH改變 樣品濃縮 |
| HIC | 分辨率好 容量好 高速度 | ★★ | ★★★ | ★ | 高離子強度 樣品體積不限 | 低離子強度 樣品濃縮 |
| AC | 高分辨率 高容量 高速度 | ★★★ | ★★★ | ★★ | 結合條件特殊 樣品體積不限 | 洗脫條件特殊 樣品濃縮 |
| GF | 高分辨率 （使用Supedex） | ★ | ★★★ | 樣品體積（<總柱體積的5%）和流速范圍有限制 | 緩沖液更換 樣品稀釋 | |
| RPC | 高分辨率 | ★ | ★★★ | 需要有機溶劑 | 在有機溶劑中，有損失生物活性的風險 |
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