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分子蒸餾是利用液相中輕重組份分子逸出液相主體時分子自由程的差來實現分離。要實現分子蒸餾的基本條件是：輕組份分子逸出的分子自由程等于加熱面與冷凝面的距離，能正確地達到內置冷凝器實現捕集，而重組份分子逸出的分子自由程要小于加熱面與冷凝面的距離，使其不會達到內置冷凝器，也就是內置冷凝器只捕集輕組份的分子，而實現輕重組份的分離。
　　 短程蒸餾器就是根據分子蒸餾的原理而設計的，是模擬分子蒸餾的模型，由于其加熱面和冷卻面的距離很近，阻力很小，故稱短程蒸餾器。由于內置冷凝器的作用，能把汽化的汽相瞬間液化，收縮體積，因此能維持設備內部的高真空。短程蒸餾器的操作真空可達1Pa,是其它蒸發、蒸餾設備難以達到的,因此，短程蒸餾器適用于在常壓下高沸點，用普通分離方法難以分離的物料，作為一種新型的液--液分離設備已有很多行業得到了成功經驗。根據物料特性的不同，也有各種刮板形式的選擇，原理與刮板蒸發器相似。