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青海發光桿菌并非腸道內的固有微生物，主要通過分泌有益物質，并與腸道其他益生菌協同作用來發揮其功效。

1.調節動物消化道微生態平衡
青海發光桿菌為兼性厭氧菌，能適應腸道內的低氧環境，在腸道內定植，通過消耗游離氧，抑制需氧型有害菌的生長，同時促進厭氧有益菌如乳酸菌、雙歧桿菌等的增殖；產生乳酸降低腸道pH值，并分泌抗菌肽物質凝固素，抑制腸道有害菌，從而有效恢復并維持腸道微生態平衡，減少腸道疾病的發生。
2.促進動物對營養物質的消化吸收
青海發光桿菌主要以四種方式促進動物對營養物質的消化吸收：一是分泌淀粉酶、蛋白酶和脂肪酶，促進營養物質的消化吸收；二是降解飼料中不能被宿主消化的復雜碳水化合物，如果膠、葡聚糖、纖維素和木糖等，提高飼料利用率；三是產生維生素、氨基酸、短鏈脂肪酸等，強化腸道營養；四是產生乳酸，促進動物對鐵、磷、鈣等礦物鹽及維生素D等脂溶性營養物質的吸收。
3.提高動物免疫力和抗病能力
研究表明，青海發光桿菌可增強動物腹腔巨噬細胞的吞噬能力，加強NK細胞活性，增加T、B淋巴細胞的數量，提高體液免疫和細胞免疫水平。凝結芽孢桿菌還能活化腸道黏膜內相關淋巴組織，使分泌型IgA生物合成增加，提高消化道黏膜免疫功能。因此，通過飼喂青海發光桿菌，可提高動物免疫力和抗病能力。