制備色譜是以分離出純物質為目的的色譜系統，分析色譜是以分析出樣品組分信息為目的的色譜系統，基于他們目的的不同，制備色譜相對于分析色譜有很多不同特征，不能簡單等同。
當我們在實驗室中想得到納克乃至毫克級的純物質時，稍微改裝下分析型色譜系統就能簡單輕松的完成，不過，若所需制備的純品量很大，此時，再用分析型色譜系統分離純化，可以預見這將是一場“災難”。
制備色譜常用的色譜模式有低壓，中壓，高壓三種，以應對不同類型和不同純度要求的樣品的分離，同時盡可能減少成本。
低壓：一般而言，低壓適合易分離化合物，但分離時間長很容易造成敏感化合物分解。
Flash：Flash是應對低壓分離時間長而出現的替代方法，盡管其分辨率不及中壓，仍常被用于簡單的分離問題。
中壓：中壓一般采用恒流泵提供恒定的流動相流速，填料顆粒更小，分辨率更高，耐受更高壓力和更快流速，同時操作與低壓和Flash基本一致，可以轉接到各類低壓和Flash系統，進一步為您節約儀器成本。
高壓：高壓通常在分離制備的最后階段采用，應用于分離困難的樣品，純度甚至能達到99.9%。
在開發制備色譜方法時，很多人都存在這樣的錯誤認識，認為制備色譜的流動相純度不需要優先考慮，分析用色譜純，制備馬馬虎虎就行了，不過我們從另一方面思考下，制備過程中流動相的使用量一般都很大，其中的雜質積聚后，對產品的純度影響將會十分可觀。
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