對于分子生物學實驗來說，祛除DNA、RNA、核酸酶污染十分重要，是保證實驗結果穩定的關鍵因素之一。
RNA干擾(RNA interference, RNAi)是一種由小RNA介導的保守的轉錄后調控機制。它在真核生物的基因調控、腫瘤進展、抗病毒防御和控制基因組轉座因子等多種生物學過程中發揮著重要作用。
在這一途徑中，Argonaute (Ago)蛋白，作為rna誘導沉默復合體(RISC)的組成部分，利用其結合的小非編碼rna通過互補堿基配對識別靶rna。這些小RNA可以是由短發夾RNA (pre-miRNA)產生的microRNAs (miRNAs)，也可以是由雙鏈RNA (dsRNA)產生的小干擾RNA (sirna)，它們都是21-25核苷酸(nt)雙鏈，在5 '端有磷酸，在3 '端有一個2-nt懸垂末端，羥基末端在5 '端。
在哺乳動物中，miRNA和siRNA由相同的RNase-III酶Dicer產生，而在果蠅中，它們通常不僅由不同的Dicer (DmDcr-1和DmDcr-2)產生，而且分別被分類為功能不同的Argonaute蛋白，如DmAgo1和DmAgo2。
Dicer是RNase-III酶家族的一員，在真核生物中高度保守。它由多個結構域組成，包括n端DExD/H解旋酶(helicase)結構域、cap結構域(Platform結構域和PAZ結構域)、具有兩個RNase-III結構域的核心區和c端雙鏈rna結合結構域(dsRBD)。這些結構域的排列和協作對于確定RNase iii切割的RNA分子的精確長度和結構特征至關重要。HsDicer (Human Dicer)和DmDcr-1中的解旋酶結構域對dsrna結合的親和力較低，缺乏水解ATP的能力。因此，它們的主要底物僅限于短發夾狀的pre-miRNA。相比之下，DmDcr-2的解旋酶結構域不同于HsDicer或DmDcr-1，因為它可以高親和力地與dsRNA結合，并促進ATP水解，將dsRNA底物轉運到RNA加工中心。
當小RNA雙工前體被Dicer蛋白加工時，由多個dsRBDs組成的輔因子dsrna結合蛋白(dsRBPs)協助Dicer完成切割過程，并將產物轉移到Argonaute蛋白。在這些輔助因子中，哺乳動物的TRBP/PACT和果蠅的R2D2/ Loqs已經得到了很好的研究。這些輔因子以化學計量比與Dicer結合，并影響其裂解活性、產物長度和產物傳遞等。所有的dsrbd都有一個共同的α -β -β -β - α-折疊，但根據它們與dsrna的結合能力，它們可以分為兩類。A型dsrbd具有類似的與序列無關的dsrna結合方式，而B型dsrbd沒有dsrna結合活性20,21。TRBP/PACT和Loqs-PA/Loqs-PB分別有2個A型dsRBD和1個B型dsRBD結合HsDicer和DmDcr-1，分別為。R2D2和Loqs異構體D (Loqs- pd)有兩個A型dsrbd，作為dmdcr -2的伴侶蛋白。
一般認為，DmDcr-2產生兩種siRNA，一種是防御病毒的外siRNA，另一種是保護基因組完整性免受轉座元件嚴重威脅的內siRNA(或esiRNAs)。在dsRNA底物的切割過程中，DmDcr-2被觀察到多種構象狀態，包括易位狀態、主動切割狀態和切割后狀態等。loq - pd的存在通過增加解旋酶域的初始dsrna結合率來增強DmDcr-2的加工活性。在dsRNA底物切割后，R2D2幫助DmDcr-2利用Hsp70/90伴體系統將產物siRNA雙工引導到RNA干擾效應物Ago2中，而不是增強其切割活性。因此，R2D2是RISC加載復合體(RLC)的重要組成部分。據報道，loq - pd和R2D2在siRNA途徑中依次作用，并且它們是由外源性或內源性dsRNAs35觸發的常見沉默。
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