基質輔助激光電離質譜儀工作流程是先借助親水作用色譜—捕集離子淌度—串聯質譜工作平臺確定脂質種類。不同頭基的脂質可通過色譜在第一維度得到分離。利用TIMS可將共洗脫的脂質在第二維中得到進一步分離。隨后，將確定的脂質碰撞截面值用作組織特異性數據庫，并根據其準確的質合比和CCS改進質譜成像中對脂質種類的識別。
基質輔助激光電離質譜儀的工作流程概述：
從MALDI質譜組織成像理和技術流程可以看到，MALDI質譜成像具有下特點：
1）無需事先知道所研究疾病或藥物相關生物分子的信息，且不局限于特異的一種或者幾種分子，它可在組織切片中找到多種子，并提供這些分子在組織中空間分布的精確信息；
2）可對被檢測到的分子含量進行簡單的定量，為尋找、闡明和鑒定重要分子標記物等提供了更快速的分析結果以及可視化結果；
3）通過組織樣品以掃描的模式捕獲譜圖并形成圖像，獲得的圖像不需要對組織中的生物分子進行體外標記或染色，操作方便、簡單；
4）可直接以組織切片或細胞進行分析，具有較高的兼容性。
基質輔助激光電離質譜儀的主要應用：
1.具有MALDI組織質譜成像功能，適用于組織切片原位分析，可調成像采集速度：≥50像素點/秒，具有超高的成像質量，可進行完整的組織學分析；
2.適用于高通量的蛋白質組學研究，包括蛋白質測定，多肽序列分析，蛋白質翻譯后修飾鑒定，蛋白質相互作用和自上而下蛋白質序列分析等研究；
3.適用于蛋白表征，二硫鍵和三硫鍵檢測，糖基化分析；
4.適用于各種同位素標記的生物標識物定量分析；
5.適用于合成化/聚合物的各方位表征。
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