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重組蛋白真核表達包括酵母表達系統、桿狀病毒-昆蟲細胞表達系統、腺病毒表達系統等。一般可以正確折疊，包含各種修改。但是價格高，周期長。
重組蛋白真核表達與原核表達如何選擇
真核表達：常用酵母、昆蟲、動物和哺乳動物細胞。其優點是根據原核生物蛋白與靶DNA的高度特異性相互作用而設計，不存在基因的非特異性激活或抑制。它可以誘導高達105倍的高效基因表達。可以嚴格控制基因表達。
原核表達：它的優點是可以在短時間內獲得基因表達產物，而且成本相對較低。方法也簡單，可以表達的蛋白質也很多。但缺點是表達的蛋白質沒有經過修飾，不一定具有天然活性，表達系統不能調節表達時間和表達水平。一些基因的持續表達會對宿主細胞產生毒性作用，過度表達可能導致非生理反應。目前，蛋白質往往以包涵體的形式表達，這也導致了產品純化的困難?？捎糜诳贵w制備或檢測，但應避免功能試驗。
目前的表達系統各有利弊，但一般理想的表達系統滿足以下幾點：一是特異性，不受其他內源性因素影響，只能通過外源性無毒物激活。二是不干擾，不干擾細胞通路。以及誘導劑的誘導性、生物利用度、可塑性和劑量依賴性。
因此，在選擇表達系統時，必須充分考慮各種因素，如蛋白質性質、實驗條件、生產成本、表達水平和安全性。權衡利弊后，選擇相應的表達系統。
