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真核表達細胞和原核變達的區別：
真核表達：常用酵母、昆蟲、動物和哺乳動物細胞。其優點是根據原核生物蛋白與靶DNA的高度特異性相互作用而設計，不存在基因的非特異性激活或抑制。它可以誘導高達105倍的高效基因表達。可以嚴格控制基因表達。
原核表達：它的優點是可以在短時間內獲得基因表達產物，而且成本相對較低。方法也簡單，可以表達的蛋白質也很多。但缺點是表達的蛋白質沒有經過修飾，不一定具有天然活性，表達系統不能調節表達時間和表達水平。一些基因的持續表達會對宿主細胞產生毒性作用，過度表達可能導致非生理反應。目前，蛋白質往往以包涵體的形式表達，這也導致了產品純化的困難。可用于抗體制備或檢測，但應避免功能試驗。
真核表達細胞載體趨向于既有利于擴增目的基因又有利于篩選陽性克隆的載體的構建。許多有效的應用范圍廣的強啟動子和增強子被人發現并應用于載體中，大大提高了目的基因的表達量，另外一些強的組成型啟動子，如SV40早期啟動子+PHTLv，已應用于大規模生產的細胞系中。
應用以GS為篩選標志的表達載體可兼有篩選和擴增目的基因兩種功能，是目前研究的重點。以IRES連接的雙順反子表達載體已成為核表達載體的主體。在同一啟動子操縱下，篩選基因或報告基因與目的基因轉錄在同一mRNA上通過IRES的作用，表達出兩種蛋白，因而在理論上可認為，通過了篩選或表達了報告基因的克隆必為陽性克隆，即表達目的基因的克隆，有報道說這種雙順反子的共表達率為90％。這就大大提高了篩選率，簡化了實驗過程。
將強啟動子、增強子和可擴增的篩選標志組裝在同一載體上，構建高效表達和篩選的表達載體并將其運用于最合適的表達系統中，是當今真核表達載體構建研究發展方向。
