在水質自動采樣器水質檢測過程中，水樣的采集和保存是水質分析的重要環節。為獲得準確、全面的水質分析數據，必須采用正確的取樣方法和水樣保存方法，并及時送樣進行分析檢測。正確的取樣和保存方法是獲得可靠檢測結果的前提。
水樣采集和保存的主要原則：水樣必須具有足夠的代表性；水樣必須沒有任何意外污染。既然水樣的采集和保存如此關鍵，那么對水樣的采集和保存有什么要求呢？水質自動采樣器的使用可不是光會采樣就行，我們具體應該注意什么？
一、水樣采集
1、具體采樣位置的選擇應避免周圍環境對采樣器或采樣裝置進水口的污染，包括采樣器手指污染的可能性。尤其是微生物指標采集的水樣在使用前應嚴格無菌，容器應采用干熱或濕熱滅菌。事實上，情況并非一定如此。因為要對容器進行消毒，而不是容器的消毒工作。
2、用水取樣器取樣前，先讓水流過幾分鐘，特別是用抽水設備采集自來水或井水時，以沖洗水管或取樣裝置管道，去除積存的雜質。
3、采集水樣后，立即在水容器（水樣瓶）上貼上標簽或在水樣說明書上做詳細記錄。水樣規格應包括地點、日期、時間、水源類型、水體形態、水位高度、水源及出水口周圍情況、水溫、溫度、氣候、分析目的及項目、取樣人員姓名、等等。
二、水樣的保存
水樣采集員采集水樣后，應盡快進行分析和檢驗。有些項目還需要現場測定（如水中溶解氧、二氧化碳、硫化氫、游離氯等）。但由于各種條件（如儀器、現場等），現場只能進行少數測量項目（溫度、電導率、pH值等），大部分項目仍需送至現場。用于測量的實驗室。
因此，水質自動采樣器水樣的保存是一個非常重要的問題。如果水樣保存不當，采集后水中的物質會發生物理、化學和生物變化，這是很常見的。
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