基因組測序利用新一代高通量測序技術以特定環境下微生物群體基因組為研究對象，在分析微生物多樣性、種群結構、進化關系的基礎上，可進一步探究微生物群體功能活性、相互協作關系及與環境之間的關系，發掘潛在的生物學意義。與傳統微生物研究方法相比，本測序技術規避了絕大部分微生物不能培養、痕量菌無法檢測的缺點，因此近年來在環境微生物學研究中得到了廣泛應用。
基因組測序應用領域有：
1.醫學領域：代謝病研究、腫瘤癌癥研究等。
2.畜牧領域：腸道、瘤胃(如產甲烷菌類群)與動物健康/營養消化研究等。
3.農業領域：根據微生物與植物互作、農業耕作/施肥處理與土壤微生物群落研究等。
4.環境領域：霧霾處理、污水治理、石油降解、酸性礦水處理及海洋環境研究等。
5.生物能源：特殊功能的菌株、基因挖掘、工程菌的開發研究。
基因組測序的從頭測序是指不需要任何現有的序列信息就可以對某個細菌物種進行測序，利用生物信息學分析手段對序列進行拼裝，從而獲得該細菌物種的基因組序列。并可基于細菌基因組完成圖開展基因功能注釋、比較基因組學及泛基因組研究。
測序設備的樣品制備和測序操作都可通過配件自動完成，配備了無線射頻識別的樣本追蹤系統，可監控并記錄實驗全流程，結合其簡潔的觸控式操作界面，可真正實現一鍵測序。對于臨床使用，可以通過其內置的應用軟件直接生成分析報告，從DNA樣本到數據分析結果的全過程最快可在二十四小時內完成。
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