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二代測序 QC 全流程,這可能適合你的QC方案!!!

閱讀:2439      發布時間:2020-12-24
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     在過去的數年間,二代測序( NGS )在幾乎所有的遺傳研究和診斷領域都發展為了一個強大的工具。而任何 NGS 實驗成功的關鍵是初始 RNA 和 DNA 樣本以及它們所生成的文庫的質量控制(QC)。

二代測序(NGS)的建庫流程是很長很復雜的,建庫的每一步都建立在前一步的基礎上,因而質量控制(QC)顯得尤為重要。無論您的初始樣本類型是什么,在整個實驗流程中,確保靶標的完整性、大小和集中程度是構建高質量文庫,進而獲得準確、可重復的結果的關鍵。為了幫助您更好地確定實驗流程,安捷倫匯總了各類初始樣本的各種建庫流程。

理想的 NGS 質 控步驟應易于操作、經濟,并且對于濃度非常低的樣品也能提供快速且無爭議的結果。本質控方法是運用瓊脂糖電泳法來判斷樣本的大小與完整性,該方 法成本低,但有種種局限性,具體就不在此贅述。確保樣品“滿足目標用途”的另一種方法是應用自動化的電泳分離,并進行熒光檢測和自動數據分析。

 

 

 

 

測序過程中的關鍵 QC 步驟

  • Fragmentation

片段化是將樣本剪切成更小的片段的過程。可以通過酶切或超聲的方法來實現。QC 是這里的一個重要步驟,以確保片段化的條件是合適的。

  • Ligate adaptors

接頭是已知的寡核苷酸序列,用于連接到未知的目標測序片段,提供測序引物結合區和樣本識別碼。接頭連接后的 QC 可以確保接頭成功連接到 DNA。

  • Size selection

片段篩選的目的是去掉多余的引物和接頭序列,獲得需要的目標序列。QC 在這一步是至關重要的,可以確保后留下的是目標大小和足夠濃度的文庫。

  • Normalize/pool

在文庫制備結束時,必須對樣本進行量化,以確定要加載到測序儀上的文庫量。如果需要多個文庫混合上機測序,QC 可以幫助提供稀釋指導,確保加載到測序儀上的文庫是均勻的,有利于提高數據的均一性。

 

 

 

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