氣相色譜測定儀主要是分析具有一定揮發性的物質，液相色譜測定儀可以分析一般的有機化合物，但揮發性太強的不是很適應，液相色譜儀對高沸點，極性強的物質有優勢。
氣相色譜測定儀與液相色譜測定儀在分離原理，應用范圍，儀器構造上的區別。
氣相色譜測定儀：
分離原理：氣相色譜是一種物理的分離方法。利用被測物質各組分在不同兩相間分配系數(溶解度)的微小差異，當兩相作相對運動時，這些物質在兩相間進行反復多次的分配，使原來只有微小的性質差異產生很大的效果，而使不同組分得到分離。
應用范圍：氣相色譜法具有分離能力好，靈敏度高，分析速度快，操作方便等優點，但是受技術條件的限制，沸點太高的物質或熱穩定性差的物質都難于應用氣相色譜法進行分析。一般對500℃以下不易揮發或受熱易分解的物質部分可采用衍生化法或裂解法。
儀器構造：由載氣源、進樣部分、色譜柱、柱溫箱、檢測器和數據處理系統組成。進樣部分、色譜柱和檢測器的溫度均在控制狀態。
液相色譜測定儀
分離原理：高效液相色譜法是在經典色譜法的基礎上，引用了氣相色譜的理論，在技術上，流動相改為高壓輸送(輸送壓力可達4.9′107Pa);色譜柱 是以特殊的方法用小粒徑的填料填充而成，從而使柱效大大高于經典液相色譜(每米塔板數可達幾萬或幾十萬)；同時柱后連有高靈敏度的檢測器，可對流出物進行連續檢測。
應用范圍：高效液相色譜法，只要求試樣能制成溶液，而不需要氣化，因此不受試樣揮發性的限制。對于高沸點、熱穩定性差、相對分子量大(大于 400 以上)的有機物( 些物質幾乎占有機物總數的 75% ～ 80% )原則上都可應用高效液相色譜法來進行分離、分析。 據統計，
儀器構造：高效液相色譜儀主要有進樣系統、輸液系統、分離系統、檢測系統和數據處理系統組成。
