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根據對O?的耐受程度，可將厭氧菌分為三大類：
1、對氧很敏感的厭氧菌：代表菌種為月形單胞菌，這類細菌對厭氧條件要求很高，在空氣中暴露10min即死亡，臨床上很難分離出。
2、中度厭氧菌：代表菌種為脆弱擬桿菌、產氣莢膜梭菌等臨床分離常見的厭氧菌。它們在空氣中暴露60～90min或在膿汁抽出72h后仍然能分離出來。
3、耐氧厭氧菌：代表菌種為溶組織梭菌。這類細菌不能利用氧，在無氧條件下生長好，而在有氧條件下生長不佳。
按革蘭染色法可將厭氧菌分為兩類：革蘭陰性厭氧菌和革蘭陽性厭氧菌。
1、革蘭陰性厭氧菌主要包括脆弱擬桿菌屬、普氏桿菌屬、卟啉單胞菌屬及梭形桿菌屬等。
2、革蘭陽性厭氧菌則包括了一些厭氧的桿菌及球菌。
根據產生芽孢與否可將厭氧菌分類分為兩大類：
1、厭氧芽孢梭菌屬：破傷風梭菌、產氣莢膜桿梭菌、肉毒梭菌和艱難梭菌等。
2、無芽孢厭氧菌：是指一大類革蘭氏陽性或革蘭氏陰性的桿菌和球菌。如：脆弱類桿菌、韋榮菌屬、消化鏈球菌屬等。