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集菌儀的工作原理主要是通過蠕動器旋轉運動，將集菌器從樣本中分離出來，同時進行過濾，以達到收集細菌的目的。具體來說，集菌儀由蠕動器驅動，連接樣本管道與集菌器，實現試樣的傳輸與收集。

集菌儀的主要用途是在進行微生物學實驗，特別是藥物敏感性試驗（如藥敏試驗）時，用于收集細菌。在臨床實驗室進行藥敏試驗時，集菌儀可以方便地將培養出來的細菌收集到特定的培養皿中，便于后續的觀察和計數。同時，集菌儀也可用于血清凝集試驗中，可以方便地將血清或血凝塊等樣本與相關稀釋液或標記物混合，便于后續觀察結果。

需要注意的是，雖然集菌儀在很多實驗中都能發揮作用，但其使用需遵循相關實驗規程，確保實驗結果的準確性和可靠性。在使用集菌儀時，也應注意遵守相關操作規范，避免對儀器本身造成損害。