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 干燥是古老的操作，但粉體和生物制品的加熱干燥常常造成顆粒不可復原的團聚，尤其是在超細粉體制備方面，液相中的納米顆粒經干燥會聚結為難以分散的團塊，這主要是因為普通的顆粒干燥過程中水分在從顆粒間孔道散發，表面張力導致高的附加壓力，將顆粒緊壓在一起成為團塊。
而冷凍干燥可以避免這一問題，冷凍干燥是先將待干燥凝膠或血液冷凍為固體，再在合理的條件先通過升華作用而使其中的水分氣化而脫除水分，由于冰的氣化過程不會對固體顆粒的聚結狀態產生影響，因此可以完好保存原來的顆粒不被壓緊而團聚，此外冷凍干燥適合處理生物制品，比如血液等，因為它沒有高溫操作，可以防止生物制品變質。

1、用冷凍干燥機制備樣品應盡可能擴大其表面積，其中不得含有酸堿物質和揮發性有機溶劑;
2、樣品凍結成冰，如有殘留液體會造成氣化噴射;
3、冷凍干燥機冷阱約為零下65度，可以做低溫冰箱使用，但戴保溫手套操作防止凍傷;
4、啟動真空泵以前，檢查出水閥是否擰緊，充氣閥是否關閉，有機玻璃罩與橡膠圈的接觸面是否清潔無污物，良好密封;
5、一般情況下，該冷凍干燥機不得連續使用超過48小時;
6、樣品在冷凍過程中，溫度逐漸降低，可以將樣品取出回暖一段時間后，繼續干燥，以縮短干燥時間。