普通質譜和高分辨質譜的區別，直觀一點可以說是：能夠將測得離子質量數，精確到小數點后兩位和后六位的區別。高分辨質譜能夠將分子量相差很小的兩種物質進行區分，從而精確推斷分子元素。厲害的高分辨質譜甚至可以取代部分元素分析。由M=n*(H)+n*(C)+n*(O)， m與n是正整數或者0，可知：M的小數點后的數值越準確，相應的m和n就可以排列出來。因此，高分辨質譜測出的數據，可以對物質結構加以確認。
高分辨質譜的應用和需求
月球研究、地質科學、生命科學、核工業、材料科學等領域對高分辨質譜的需求日益旺盛。
月球研究方面，我國規劃在2030年前建立國際月球科研站，需要把質譜儀送到地外星球進行探索；地質礦產方面，地質礦產中，伴生元素復雜，且含量比較低，伴生元素和痕量檢測非常需要高分辨質譜；核工業方面，核工業的磁質譜一直受到國外的技術壁壘，核工業的高質量發展急需自主高分辨質譜的發展；材料科學方面，材料科學、地礦、半導體、高溫合金等對材料的純凈度要求越來越高，痕量和超痕量元素測量需要高分辨質譜。生命科學方面，目前生命科學研究已經發展到干細胞范疇，軌道阱也成了蛋白質組學、脂質組學、代謝組學研究的利器。生命科學、藥物研發、臨床質譜必然離不開高分辨質譜。
高分辨質譜的分類
高分辨質譜主要包括：雙聚焦磁質譜、飛行時間質譜、軌道阱質譜和傅里葉變換離子回旋共振質譜。
按照分辨率級別的排序大概是這樣：
1.（分辨率大概在1w級別）雙聚焦磁質譜
同位素定量能力準，正向雙聚焦高分辨率4w，反向雙聚焦高分辨率10w
2.（分辨率大概在10w級別）飛行時間質譜
檢測速度快，隨著多次離子反射技術的引入，飛行時間質譜的高分辨率已經突破60w
3.（分辨率大概在100w級別）軌道阱質譜
高分辨率可達100w，比FTICR稍差，不需要昂貴的冷卻裝置
4.（分辨率幾百萬甚至更高）傅里葉變換離子回旋共振質譜（FTICR）
質量測量的精度高，分辨率可達數百萬甚至更高，同時由于需要在液氦低溫環境中運行，液氦成本高昂，所以操作維護成本昂貴。
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