磁珠提取實時熒光定量PCR儀比普通的PCR儀多了熒光信號采集系統和計算機分析處理系統，實時熒光定量PCR儀主要是用來定量分析和確定基因轉錄水平的，而普通的PCR儀是做定性分析和擴增基因片段，定量PCR儀可以做普通PCR儀的工作，而反之就不行了，況且這樣代價太大了，一般的實驗室都不允許這樣做的。總之兩者的功能不能互相取代。
一般來講PCR升降溫速度越快，實驗需要的時間越少。需要的時間越少，意味著在中間溫度可能產生的非特異擴增越少。并且，通常升降溫速度，也從側面體現了儀器控溫能力的好快。
PCR儀就價格來看，每秒變溫越多（現在主流的是每秒4到7攝氏度），價格就越高，儀器越好。主要因為加熱模塊材質的差別。在普通PCR儀設計基礎上增加熒光信號激發和采集系統和計算機分析處理系統，形成了具有熒光定量PCR功能的儀器。
其PCR擴增原理和普通PCR擴增原理相同，在PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過熒光信號采集系統實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統，得出量化的實時結果輸出。
磁珠提取實時熒光定量PCR儀有單通道，雙通道和多通道之分。當只用一種熒光探針標記的時候，選用單通道；有多種熒光標記的時候使用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標記和目的基因表達產物，因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片段的量。多通道利于做多重PCR，實現一次檢測多種目的基因的功能。
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