在樣品提取和注射的前后，氣路模塊處于待機狀態。在此期間，載氣流經流量控制器，傳輸管線，然后進入氣相色譜，這就是所謂的載氣流路。載氣還會流經加壓閥、限流器、樣品環和取樣針，這就是所謂的加壓流路。
取樣針刺穿樣品隔墊，樣品環的容量即是進入到氣相系統的頂空體積，通常為1或者3毫升，當需要將樣品加入到樣品環時，加壓閥打開，放入加壓氣體，然后放空閥會打開，使樣品瓶頂部空間的加壓氣體回流充滿樣品環，接著進樣閥打開，切換到載氣流路，載氣會把樣品吹入傳輸管線，并最終進入氣相色譜系統。
注意事項：
1、由于進入頂空的載氣同時進入GC，所以用于頂空的氣體也應凈化。
2、頂空瓶加熱溫度，定量管溫度，傳輸線溫度應由小到大，傳輸線小于等于進樣口的溫度。
3、應用頂空時，GC氣體總流量應是頂空的氣流加上GC氣流量，計算分流比時應注意。可以用流量計測量后計算。
4、時間設置中，樣品充滿定量管的時間應充分，定量管的平衡時間不應太長，進樣的時間應足夠長。
5、頂空進樣器的壓力調節如果是手動的話，建完方法后應記錄樣品加壓和載氣壓力值，以免由于閥狀態的變化引起壓力變化。
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