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有害的細菌和真菌不僅可能會污染原材料和生產設備，更糟糕的是有可能會污染最終的成品。我們的Applied Biosystems MicroSEQ™快速微生物鑒定系統(圖1)采用了高度精確的系統發生學方法，用于微生物的鑒定。這種方法主要是通過對細菌的16S rRNA基因和真菌大亞基的D2基因區域進行測序，并將測序結果與數據庫中經過驗證的序列進行比較而完成的。在rRNA測序完成后，MicroSEQ系統自動將測序結果與MicroSEQ微生物數據庫中經過驗證的序列進行比較。該結果根據參考序列與樣本間的遺傳距離排列并以遺傳系統發生樹的方式顯示(圖2)。這一系統包含廣泛驗證的細菌和真菌數據庫。細菌序列數據庫包含有超過2000個條目，這其中包括葡萄球菌、芽孢桿菌、棒狀桿菌、分枝桿菌以及非發酵型革蘭氏陰性菌等。真菌數據庫涵蓋了超過1100個條目。這兩個數據庫經常進行更新和擴充。