膠囊充填機的具體操作步驟如下:
1、 按下“電源開關”中的綠色按鈕，電源接通。
2、 緩慢調節“振動強弱調節旋鈕”，順時針方向旋轉，此時膠囊充填機與“振動支架”聯為一體的整理盤開始振動，用手觸摸整理盤，憑感覺調整到一定振蕩強度。
3、 將裝粉膠囊殼放入“裝粉膠囊殼整理盤”內，每次約放300粒左右。將膠囊帽蓋放入“膠囊帽蓋整理盤”內，每次約300粒左右。膠囊充填機整理盤用有機玻璃板制作,上面鉆有許多上大下小漏斗型的圓孔，圓孔直徑與膠囊號碼直徑相對應。
4、約30秒鐘，裝粉膠囊殼和膠囊帽蓋即掉入圓孔中，開口朝上。如遇個別開口朝下時，可用膠囊帽蓋向下輕輕壓套，即可套出。
5、 水平手持裝粉膠囊殼接板（圖中末畫出，已隨機準備好，接板中有圓孔），在整理盤下部往里輕輕一推，整理盤中的裝粉膠囊殼就會往下掉入接板圓孔中，隨后取出接板。同樣的方法，用膠囊帽蓋接板取出膠囊帽蓋。
6、 膠囊充填機可預先準備一個底面積為500×500mm2，四邊高約10mm的藥粉方盤，內裝藥粉，將裝粉膠囊殼接板平放在藥粉方盤中。再將隨機配的有機玻璃框罩在裝粉膠囊接板上，用小撮斗鏟藥粉放入框內，用框邊一刮，即可裝滿藥粉，并把多余藥粉刮掉。
7、膠囊充填機用隨機配的膠囊帽蓋套裝板（圖中末畫出，套裝板上有圓孔），放在膠囊帽蓋接板上，有對位孔，很容易放置。翻轉膠囊帽蓋接板，使膠囊開口朝下，套在已裝好藥粉的裝粉膠囊殼接板上，也有對位孔，很容易套合。
8、將已套合的膠囊板放入“膠囊戴帽成型板”下面的空腔中，用手向下扳動“壓桿”并到位，無須當心用力過大，因為膠囊充填機有定位機構控制下壓高度。取出套合膠囊板，倒出膠囊即可。