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熒光分光光度計 測量寡核苷酸的熔解溫度

來源:百道亨儀器設備(北京)有限公司   2018年01月18日 09:51  

簡介

在生物化學領域中,生物材料的熱學性能研究是材料分析的重要組成部分。而熔解溫度(TM)是生物材料中應用zui廣泛的熱學性能。生物材料由許多化學鍵組成,隨著溫度的升高,材料內能增加同時化學鍵斷裂。這種因化學鍵斷裂而導致生物材料結構改變的現象被稱作熱變性。此外,zui活躍時的變性溫度被稱為熔解溫度。熔解溫度是用于表征材料穩定性的指標之一。寡核苷酸是一種遺傳物質,由多組堿基構成。寡核苷酸可以很容易地和它們的互補對鏈接,所以常用來作為探針確定DNARNA的結構,經常用于基因芯片、電泳、熒光雜交等過程中。如圖1所示,我們將Alexa Fluor® 488 熒光探針標記在寡核苷酸的  端部,將Alexa Fluor® 532 熒光探針連接在另一端。

 

本實驗采用Thermo Fisher公司的lumina熒光分光光度計配備 Peltier 溫控系統(圖2)對不同溫度下的熒光性能進行了測量。Peltier溫控系統可快速地對溫度進行調節,溫度范圍可控制在-10℃到100℃。該系統有樣品除霜功能、磁力攪拌功能和溫控功能。本研究采用 Lumina 和 Peltier系統,結合熒光標記,研究了寡核苷酸熒光強度與溫度的關系。zui終根據一階導數分析熔點曲線并計算出了TM 值。

2Peltier 系統配件(單池池架(a)、4 聯池池架b)、Peltier 控制模塊(c))

試劑和儀器

1.Lumina熒光分光光度計 

2.Peltier 控制模塊、單池池架

3.供體寡核苷酸5´  – (Alexa 488) – ACCGTGAGCA – 3´

4.受體寡核苷酸

5´ – (Alexa 532) – TGCTCACGGT – 3´ 5.Tris-EDTA 緩沖液(pH 8.0

6.NaClACS 試劑,≥99.0%

7.10ml 塑料管

8.熒光比色皿

實驗步驟

1.添加 10ml  Tris-EDTA 緩沖液(pH 8.0)到兩根塑料管中,形成濃度分別為172mM(供體)190mM(受體)的NaCl溶液。

2.在上述緩沖液中溶解供體/受體寡核苷酸,使濃度變900nM

3.混合已制備的供體試劑和受體試劑,然后在室溫下培養5分鐘。

4.Peltier系統安裝在 Lumina上。5.打開LuminousThermal軟件,如圖3輸入預定參數。使用軟件(Excel®, Origin®等)根據供體各測量點數據計算一階導數,并在測量后查看TM 值。

儀器參數

3Thermal軟件測量條件

實驗結果

FRET 現象是供體到受體的一種能量轉移現象,這是由于熒光物質受熱前熒光探針間距離較短造成的。因

此,在供體激發波長519nm處發出較弱的熒光,在受體的激發波長553nm處發出較強的熒光。另一方面,

隨著受熱產生的熱變性現象,與FRET現象相反。換句話說,熒光在519nm時較強,而在553nm時較弱(4)。

4:受熱前(左圖,25℃)、受熱后(右圖,55℃)熱變性熒光強度如圖5所示,我們繪制了供體、受體熒光強度與溫度的關系。可以確認,供體和受體上發生的熒光強度逆轉的情況是由于 FRET 現象消失導致的。

5:供體、受體熒光強度與溫度的關系

目前有多種方法可以確定TM 值,本實驗中我們通過一階導數的峰值來確定TM 值。本次試驗所用寡核苷酸的TM 值為49℃。(圖6

6:熒光強度隨溫度而改變

實驗結論

本研究中,使用Thermo Fisher公司Lumina熒光分光光度計和Peltier 溫控系統,研究了溫度變化對寡核苷酸熒光強度的影響。此外,根據實驗數據計算出代表材料安全性的TM 值。

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