研究人員利用新開發的比較蛋白質組學技術：CAPP-DIGE，揭示了細菌抗酸伴侶蛋白的*底物。

腸道病原微生物*的抗酸機制使得它們能夠順利通過人體胃液的強酸環境，進而在腸道造成感染甚至導致人體死亡。HdeA和HdeB是目前在這些病原微生物膜間質內發現的*一套抗酸伴侶系統，在許多腸道菌中高度保守。因此，研究它們抵御強酸環境的機制有助于我們更好地理解這些致病菌與宿主之間的作用關系。另外，HdeA 和HdeB是典型的“條件無序”分子伴侶蛋白，利用無序結構與多種不同的底物蛋白質相互作用以發揮功能，對它們的研究也能幫助我們更好的理解蛋白質無序結構與功能之間的關系。

2011年，研究人員開發了一種遺傳編碼的蛋白質光交聯探針DiZPK，并以大腸桿菌為模型，成功地捕獲并鑒定了HdeA的底物蛋白，揭示了細菌在抵御酸脅迫過程中*的分子伴侶協作機制。

在這項研究中，研究人員為進一步揭示HdeA和HdeB這兩個看似冗余的分子伴侶如何相互合作，以及在保護大量不同底物蛋白的同時避免非特異性結合的機制，他們將新一代的可切割型光交聯探針DiZSeK與熒光差異雙向凝膠電泳（2D-DIGE）相結合，發展了一種名為CAPP-DIGE的“比較蛋白質組學”的策略，實現了HdeA與HdeB整個底物蛋白組的直接比較和鑒定。

研究結果表明，HdeA與HdeB在活細胞條件下對底物蛋白表現出明顯的差異。研究人員進一步發現，這種差異性來源于二者對酸刺激的不同響應，使得HdeA和HdeB分別保護了對酸刺激耐受性不同的底物蛋白組。在酸回復過程中，他們發現底物在被分子伴侶釋放時也是受pH調控的，且這種pH 調控的底物釋放過程保證了底物在酸回復過程中的有效重折疊。

由此研究人員提出了細菌抵御酸脅迫過程中pH 對分子伴侶底物特異性的調控機制，即pH通過系統性地調控HdeA 、HdeB以及底物蛋白的折疊狀態和功能，讓分子伴侶蛋白在不同條件下逐步激活、協同分工保護不同的客戶蛋白，同時保證了底物蛋白在被釋放后有效地進行重折疊。

這一模型為細菌抵抗酸刺激提供了一種、經濟、靈活和協調的蛋白質質量控制策略。這一調控機制很可能也適用于其他的條件無序分子伴侶系統，而這一新開發的CAPP-DIGE技術對于利用蛋白質組學鑒定和比較動態條件下的蛋白-蛋白相互作用及其變化都有著廣闊的應用前景。