傳統(tǒng)的PCR進(jìn)行檢測(cè)時(shí)，擴(kuò)增反應(yīng)后需要進(jìn)行染色處理及電泳分離，并且只能作定性分析，不能準(zhǔn)確定量，易造成污染出現(xiàn)假陽(yáng)性，使其應(yīng)用受到限制。實(shí)時(shí)定量PCR技術(shù)不僅實(shí)現(xiàn)了對(duì)模板的定量，且具有靈敏度高、特異性和可靠性更好、自動(dòng)化程度高和無(wú)污染的特點(diǎn)，使得熒光定量PCR逐漸取代常規(guī)PCR。 

在PCR擴(kuò)增反應(yīng)的初數(shù)個(gè)循環(huán)里，熒光信號(hào)變化不大，接近一條直線，這樣的直線即是基線，這條線是可以自動(dòng)生成也可以手動(dòng)設(shè)置的。之后反應(yīng)會(huì)進(jìn)入指數(shù)增長(zhǎng)期，這個(gè)期間擴(kuò)增曲線具有高度重復(fù)性，在該期間，可設(shè)定一條熒光閾值線，它可以設(shè)定在熒光信號(hào)指數(shù)擴(kuò)增階段任意位置上，但一般會(huì)將熒光閾值的缺省設(shè)置是 3-15 個(gè)循環(huán)的熒光信號(hào)的標(biāo)準(zhǔn)偏差的10 倍。每個(gè)反應(yīng)管內(nèi)的熒光信號(hào)到達(dá)設(shè)定的閾值時(shí)所經(jīng)歷的循環(huán)數(shù)被稱為CT值，這個(gè)值與起始濃度的對(duì)數(shù)成線性關(guān)系，且該值具有重現(xiàn)性。

Ct值大的意義就是用來(lái)計(jì)算目的基因的表達(dá)量，此時(shí)就有兩個(gè)概念容易被提及，那就是定量和相對(duì)定量，定量的目的是測(cè)定目的基因在樣本中的分子數(shù)目，即通常所說(shuō)的拷貝數(shù)。相對(duì)定量的目的是測(cè)定目的基因在兩個(gè)或多個(gè)樣本中的含量的相對(duì)比例，而不需要知道它們?cè)诿總€(gè)樣本中的拷貝數(shù)。
Ct值誠(chéng)然可以被利用來(lái)計(jì)算這兩種定量結(jié)果，但是定量實(shí)驗(yàn)必須使用已知拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)品，必須做標(biāo)準(zhǔn)曲線。相對(duì)定量可以做標(biāo)準(zhǔn)曲線，也可以不做標(biāo)準(zhǔn)曲線。標(biāo)準(zhǔn)品制作困難難以獲取，實(shí)驗(yàn)室基本都是選擇相對(duì)定量的方法來(lái)計(jì)算相對(duì)基因表達(dá)量。