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二手PCR儀是一種核酸檢測和定量分析的新方法，可以作為傳統實時定量PCR的替代方法，以實現一致定量及稀有等位基因的檢測。數字PCR的工作原理在于將DNA或cDNA樣品分割為許多單獨、平行的PCR反應，部分這些反應包含了靶標分子(陽性)，而其他不包含(陰性)。單個分子可以被擴增一百萬倍或更多。在擴增期間，TaqMan化學試劑及染料標記探針可用于檢測特定序列的靶標。當不存在任何靶標序列時，沒有信號累積。PCR分析后，陰性反應片段用于生成樣品中靶標分子的一致計數，而無需標準品或內標。
納流芯片的使用提供了便捷和直觀的機制來同時平行運行上千個PCR反應。每個孔都加入了樣品、擴增混合物和TaqMan測定試劑的混合物，然后進行單獨分析以檢測存在(陽性)或不存在(陰性)終點信號。考慮到孔可能接收到多個靶標序列分子，使用泊松模型應用了一個校正因子。
一個合理的二手PCR儀實驗室，要時刻注意污染的監測，考慮有無污染是什么原因造成的污染，以便采取措施來防止和消除污染。對于PCR儀的對照實驗一般有以下幾種：
1.重復性試驗。
2.選擇不同區域的引物進行PCR擴增。
3.陽性對照
在建立PCR反應實驗室及一般的檢驗單位都應設有PCR陽性對照，它是PCR反應是否成功、產物條帶位置及大小是否合乎理論要求的一個重要的參考標志。陽性對照要選擇擴增度中等、重復性好，經各種鑒定是該產物的標本，如以重組質粒為陽性對照，其含量宜低不宜高(100個拷貝以下)。但陽性對照尤其是重組質粒及高濃度陽性標本，其對檢測或擴增樣品污染的可能性很大。因而當某一PCR試劑經自己使用穩定，檢驗人員心中有數時，在以后的實驗中可免設陽性對照。
4.陰性對照
每次PCR實驗務必做陰性對照包括：
①標本對照
被檢的標本是血清就用鑒定后的正常血清作對照;被檢的標本是組織細胞就用相應的組織細胞作對照；
②試劑對照
在二手PCR儀試劑中不加模板DNA或RNA，進行PCR擴增，以監測試劑是否污染。
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