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我們在使用新的色譜柱應該在我們自己的液相色譜儀上進行性能測試，即使用色譜柱附帶的檢驗報告上測試條件和樣品來測定該色譜柱的柱效。并且，在以后的使用中，應時常對色譜柱進行測試。高效液相色譜柱在使用的過程中常常有堵塞的現象，造成這種現象的主要原因是：
①溶劑中的不溶物
②樣品中的不溶物
③泵進樣器等中的不溶物
④柱內不溶物的形成等。
如果當色譜柱堵塞以后我們可以對色譜柱進行修復，首先，使用含鹽緩沖液后(如離子對試劑)應用溶解性強的溶劑(如水)進行沖洗。其次，先斷開檢測器，然后用對來自樣品中的物質有強溶解性的溶劑進行沖洗，對于反相色譜柱，可使用甲醇、乙睛、四氫呋喃、氯仿、庚烷等，在此條件下，應避免溶劑的pH低于2或高于8。
高效液相色譜柱怎樣避免過高的柱壓？
雖然高效液相色譜柱能耐受的壓力可達6000psi (磅/平方英寸) ,但過高及過大的壓力變化均會縮短色譜柱的壽命,避免的方法是：
(1)柱壓過高時,盡可能采用較小的流速,以不超過柱最大允許壓力的一半為宜。
(2)當流速較大時,應采取流速梯度的辦法使流速分步到位。
(3)使用手動進樣閥時,進樣閥的切換要盡可能的快。否則超過20%的壓力沖擊會很快使柱報廢。當使用多柱聯用時,柱切換要避免在高壓下進行。
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