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現階段，常用的核酸提取法為離心柱純法和磁珠法等，但離心柱純化法效率低，步驟繁瑣。而由于檢測機構每天需要處理大量樣本，大都是采用自動化核酸提取儀配套磁珠法核酸提取試劑盒的方式進行核酸提取步驟。應用磁珠法的自動核酸提取儀操作簡便，容易自動化，是目前市場上的主流。
磁珠法——通過裂解液裂解細胞組織樣本，從樣本中游離出來的核酸分子被特異的吸附到磁性顆粒表面，蛋白質等雜質不被吸附而留在溶液中。利用磁棒吸附攜帶核酸的磁珠移動至不同的試劑槽內，通過反復快速攪拌、混勻液體，經過細胞裂解、核酸吸附、洗滌與洗脫等步驟，最終得到純凈的核酸。
如何提高核酸提取效率，可以嘗試以下方法：
一、磁珠品質要好
首先，磁珠的四氧化三鐵核要能做到真正納米級，100納米以下；其次,在納米四氧化三鐵表面包裹二氧化硅要均勻密封；三是表面羥基含量要豐富。這樣的磁珠比表面積大，磁響應性能強，與核酸的結合能力與釋放能力都強。
二、裂解液品質好
對于提取胞內核酸的應用，我們需要對細胞進行裂解，釋放核酸；當裂解不充分時，釋放的核酸有限，即使磁珠的吸附能力再強，也很難獲得較高的得率。一般可以通過提高表面活性劑濃度，來增強裂解液的裂解能力，表面活性劑能夠破壞蛋白的結構，促進膜蛋白的變性，使得細胞膜破裂而充分釋放出核酸。
三、洗脫要充分
洗脫不充分有時候我們裂解結合液各種條件優化到了理想狀態，可是核酸得率仍然很低。這種情況有可能是磁珠結合了核酸，但是由于洗脫不充分，磁珠結合的核酸沒有被洗脫下來。一般來說0.5mg的磁珠，洗脫液的體積為70-100ul。
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