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微生物質譜分析是一種通過測量離子質荷比（質量－電荷比），從而確定其質量的分析方法，通俗點講，質譜就是一種類型的“秤”，只不過它稱量的是離子的質量，在眾多的分析測試方法中被認為是一種同時具備高特異性和高靈敏度且得到了廣泛應用的普適性方法。
微生物質譜儀器一般由進樣系統(tǒng)、離子源、質量分析器、檢測器、數據處理系統(tǒng)等部分組成。由于進樣方式、離子源、質量分析器等的不同，質譜儀分為不同的種類，臨床上常見的有液相色譜串聯(lián)質譜、氣相色譜串聯(lián)質譜、電感耦合等離子體質譜、基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜等等。
微生物的分類其實有很多，就拿細菌為例，細菌是原核生物的一類，是一類形狀細短，結構簡單，多以二分裂方式進行繁殖的原核生物，是在自然界分布廣、個體數量多的有機體，是大自然物質循環(huán)的主要參與者。細菌主要由細胞膜、細胞質、核質體等部分構成，有的細菌還有莢膜、鞭毛、菌毛等特殊結構。
之所以能夠對細菌進行鑒定，是因為細菌的核糖體蛋白具有保守性，一般不會隨生長條件的變化而變化，而不同細菌的核糖體蛋白指紋圖譜具有各異性，指紋圖譜中的某些峰具有屬、種，甚至亞種特異性。
另外，同種細菌在同一培養(yǎng)條件下生長，所得到的質譜結果具有可重復性，這使得鑒定細菌結果更加準確。與傳統(tǒng)的細菌鑒定流程相比，微生物前處理時間和菌種鑒定時間65分鐘以內可完成，是有效的細菌鑒定解決方案。
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