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激光共聚焦掃描顯微鏡主要有四部分組成：1、顯微鏡光學系統。2、掃描裝置。3、激光光源。4、檢測系統。整套儀器由計算機控制，各部件之間的操作切換都可在計算機操作平臺界面中方便靈活地進行。
1、顯微鏡光學系統
顯微鏡是顯微鏡的主要組件，它關系到系統的成象質量。顯微鏡光路以無限遠光學系統可方便地在其中插人光學選件而不影響成象質量和測量精度。物鏡應選取大數值孔徑平場復消色差物鏡，有利于熒光的采集和成象的清晰。物鏡組的轉換，濾色片組的選取，載物臺的移動調節，焦平面的記憶鎖定都應由計算機自動控制。
2、掃描裝置
激光共聚焦掃描顯微鏡使用的掃描裝置在生物領域一般為鏡掃描。由于轉鏡只需偏轉很小角度就能涉及很大的掃描范圍，圖象采集速度大大提高，512×512畫面每秒可達4幀以上，有利于那些壽命短的離子作熒光測定。掃描系統的工作程序由計算機自動控制。
3、激光光源
顯微鏡使用的激光光源有單激光和多激光系統。多激光器系統在可見光范圍使用多譜線氬離子激光器，發射波長為457nm、488nm和514nm的藍綠光，氦氖綠激光器提供發射波長為543nm的綠光，氦氖紅激光器發射波長為633nm的紅光，新的405nm半導體激光器的出現可以提供近紫外譜線，但是小巧便宜而且維護簡單。
4、檢測系統
激光共聚焦掃描顯微鏡為多通道熒光采集系統，一般有三個熒光通道和一個透射光通道，能升級到四個熒光通道，可對物體進行多譜線激光激發，樣品發射熒光的探測器為感光靈敏度高的光電倍增管PMT，配有高速12位A/D轉換器，可以做光子計數。PMT前設置針孔，由計算機軟件調節針孔大小，光路中設有能自動切換的濾色片組，滿足不同測量的需要,也有通過光柵或棱鏡分光后進行光譜掃描功能的設置。
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