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全自動微生物質譜檢測系統工作時，將微生物具有種屬特異性的核糖體蛋白建立質譜指紋數據庫，通過采集未知菌的圖譜與數據庫的譜圖進行比對，從而實現對微生物的種類鑒定，具有快、準、穩、省的優點。
全自動微生物質譜檢測系統待檢樣本要是經培養基分離后的純化菌落。臨床微生物實驗室常使用商品化培養基，包含哥倫比亞血瓊脂、沙保氏葡萄糖瓊脂培養基等。為了滿足鑒定準確性的要求，須采用如表所示時間新鮮培養的菌株。
質譜檢測，即通過質譜儀分析血液、體液等樣本，測出受檢者體內各種物質的水平，準確到pg級（比納克更小的單位）。質譜可以檢測小分子含量，比如維生素，激素等。維生素反映人體內的營養水平，激素則能反映人是否處在亞健康狀態，警示體內的病變。
對于普通人來說，質譜可以用來監測人體內藥物濃度。藥物吃多了，會造成人體內中毒反應；吃少了，又起不到應有的效果。醫生開出的劑量大多數情況下僅僅是適合多數人的劑量，具有普適性；但實際上，每個人由于體質不同，對藥物的反應會有所不同。使用質譜監測人體內藥物濃度，就能找到適合每個人的劑量，既能使藥物發揮效果，又能避免藥物濃度過高導致的中毒。
全自動微生物質譜檢測系統操作注意事項：
1、操作靶板時應戴無粉手套。
2、用接種環挑取菌落時不要粘上培養基，否則不利于微生物的鑒定。
3、某些單菌落生長非常小的微生物，需要挑取幾個相似菌落并涂在同一靶點。
4、每個靶點只允許涂同一株菌，每次操作須更換接種環和移液器吸頭。
5、制備好的靶板在檢測前應處于室溫。
6、制備好靶板后，須在48小時內進行微生物鑒定。
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