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毛細管電泳儀以彈性石英毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，依據樣品中各組分的淌度（單位電場強度下的遷移速度）和分配行為的差異而實現各組分分離。
工作原理
毛細管電泳柱中裝載電解液運行時，由于管壁硅羥基的存在會產生電滲流，電滲流將推動整個毛細管柱內的溶液定向移動。與一般色譜技術的主要區別在于其分離原理不是基于組分在流動相和固定相中分配系數，而是在電場作用下離子遷移速度的不同。
注意事項
1、進樣系統：其較常用的方式主要為流體動力學進樣和電遷移進樣，該進樣系統結構包括動力和計時控制部件、毛細管和樣品瓶及緩沖液瓶的位置變換控制部件等。
2、毛細管清洗裝置和緩沖液填充系統：酸堿活化毛細管可保證CE分離結果，此外，填充緩沖液也是必須的步驟之一。一般毛細管清洗或緩沖液填灌采用正壓或負壓來實現，要求系統具有一定的密閉性。商品化的儀器通常將毛細管清洗過程與進樣過程共享壓力控制機構，但計時以分鐘為單位，對進樣精度有所影響。
3、毛細管及其溫控系統：CE分析實驗過程中，焦耳熱效應降低分離效率且在一定程度上影響分析結果的重復性。因此需要設計一個溫度可調的恒溫環境來降低焦耳熱效應同時規避外界溫度變化對毛細管分離結果造成的影響。風冷和液冷兩種溫控方式較為常用。風冷控溫是通過控制空氣對流實現但效果不佳。液冷控溫是將毛細管置于恒溫液體中，一般以水為冷卻介質，由專門的制冷系統進行冷卻或恒溫并經由流路進行循環。其效果良好，故為常用的溫控方式。
4、檢測系統：CE應用紫外檢測器最為廣泛，其采用柱上檢測方式，結構簡單、操作方便，使用前需在適當位置將毛細管外壁涂層的彈性保護層聚酰亞胺膜剝離，讓透明部分對準光路?？赏ㄟ^灼燒、硫酸腐蝕或者刀片刮除等方式實現涂層剝離。
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