多肽合成是一個重復添加氨基酸的過程，合成一般從C端（羧基端）向N端（氨基端）合成。過去，多肽合成是在溶液中進行，現在多采用固相合成法從而大大地減輕了每步產品提純的難度。為防止副反應的發生，合成柱與添加的氨基酸的側鏈都被保護，羧基端是游離的，且在反應之前必須活化。化學合成方法有兩種，即Fmoc法和Boc法。由于Fmoc比Boc有很多優勢，現在大多采用Fmoc法合成。
甲基化聚苯乙烯樹脂，目前，廣泛采用比氯甲基樹脂更加穩定的對乙酰氨基芐酯（PAM）樹脂。合成肽酰胺時采用二苯甲胺型樹脂。Boc保護。—氨基的氨基酸衍生物共價交聯到樹脂上，TFA脫除Boc，三乙胺中和游離的氨基末端，之后再偶聯下一個氨基酸。zui終脫保護基多采用HF法和TFMSA法。用Boc固相法（一）Boc固相法（經典Merrifield固相法）
Boc固相法的氨基保護基采用TFA可脫除的Boc，側鏈保護基采用芐醇類。常用樹脂為氯甲基化或羥已合成了許多生物大分子，如酶、生長因子和人工蛋白質等。
（二）Fmoc固相法
在Boc固相法中反復使用酸處理會帶來一些問題，如使肽鍵斷裂和酸催化產生其他副反應等。Boc固相法尤其不適于合成含有色氨酸等對酸不穩定的肽類。1978年，Chang、Meienlofer和Atherton等采用Carpino報道的Fmoc基團作為氨基保護基，成功地合成了多肽。目前，Fmoc固相法已經得到廣泛的應用，并越來越受到人們的重視。與Boc法相比，Fmoc不同之處在于氨基保護基采用堿性可脫除的Fmoc基，側鏈保護基采用TFA可脫除的叔丁基。樹脂采用91％TFA可切斷的對烷氧芐醇型樹脂和l％TFA可切斷的二烷氧芐醇型樹脂，因此，脫保護避免了強酸處理，用TFA或TMSBr即可完成。
1．固相載體
在固相合成中zui常用的載體一類是通過m---乙烯苯交聯的聚苯乙烯樹脂。從膨脹性和穩定性角度考慮，交聯度為1％較為合適。另一類常用的載體為聚丙烯酰胺凝膠，它在結構和極性上與肽鏈相似，因此被認為可能更有利于多肽合成。在多肽自動合成儀中，固相樹脂要能夠承受連續流動液體造成的一定壓力，珠狀的凝膠不能達到這個要求。若將珠狀凝膠與低密度、高滲透性的無機載體Kieselguhr相連則可以解決這個問題。聚丙烯酰胺-Kieselguhr凝膠已成功地應用于連續流動Fmoc固相合成上。
2．樹脂接臂
考慮到與樹脂相連的肽的C端氨基酸具有不同類型，常常需要在樹脂上連接不同支臂以供交聯。
3．*個氨基酸的連接
*個氨基酸與樹脂支臂通常通過生成酯鍵來連接，對N，N—二甲基氨基吡啶（DMAP）可以有效地催化這一過程，但加入的DMAP的量對消旋化有很大影響。此外，還可能使Fmoc基團脫落，產生二肽。這些問題可以通過降低溫度、縮短連接時間或加入HOBt的方法來解決。采用Fmoc-氨基酸-OTDO酯或用活化酯法也能得到滿意的連接效果。
4．固相上的接肽反應
主要有活化酯法、混合酸酐法、原位法、酰氯法和縮合劑法等。