蛋白Marker主要分為未預染蛋白Marker和預染蛋白Marker兩種，另外還有一些其他類型的蛋白Marker：如顯影蛋白Marker等。

未預染蛋白Marker：

是幾種已知分子量并純化好的蛋白質預混液。

非預染蛋白Marker在電泳過程中看不到，電泳結束后經過蛋白染色后才能起指示作用，無法在實驗過程中起預示作用。

但是由于蛋白沒有附帶染料分子或者是標記分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，所以最準確。

預染蛋白Marker：

是純化好的幾種蛋白，通過與染料共價耦聯后混合在一起，在電泳過程中或者轉膜時可以直接觀察到的一種蛋白Marker。

預染蛋白Marker又可分為單色預染和多色預染。

Marker條帶越多參考價值越大，同時也越難區分，若用不同顏色則容易辨認；

單色的Marker通常利用其中某些條帶加倍濃度來提示其大小。

預染蛋白Marker在電泳過程可以起到預示作用，當觀察目標蛋白大小位置進入最佳分辨區時，停止電泳，以得到最佳分辨效果。

轉膜過程可以監測轉膜效率，同時可以在膜上標記蛋白分子量。

但是，預染蛋白Marker與染料共價偶聯，在不同的緩沖條件下，電泳遷移特性可能會發生某些變化，導致一些偏差。

也就是說，預染蛋白Marker條帶代表的是相對大小，而不是絕對大小。

顯影蛋白Marker：

顯影蛋白Marker，蛋白條帶中含有IgG結合位點，IgG結合位點會結合用于檢測靶蛋白的一抗或二抗，使得蛋白Marker在印跡膜上可與目的條帶一同呈現。

通常會有兩個預染條帶，便于動態觀察蛋白質電泳狀態，判斷轉膜效果和方向；

結合抗體后經化學發光檢測可顯示多個條帶。