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梯度PCR儀相較于傳統PCR儀，其核心優勢在于溫度梯度功能對實驗效率的顯著提升。傳統PCR儀通常只能提供單一溫度控制，整個反應過程中所有樣品處于相同溫度條件，這限制了對不同退火溫度的探索和優化。若需測試多個退火溫度，必須多次運行實驗，耗時耗材且效率低下。
而梯度PCR儀則具備更先進的溫度控制功能，可在同一實驗中設置多個溫度區域（梯度），允許不同樣品或反應孔在不同退火溫度下進行反應。這種設計使得研究人員能夠一次性測試多個退火溫度，快速找出適合的退火溫度，從而顯著提高實驗效率。通過一輪PCR擴增即可設置一系列不同的退火溫度條件（通常可達12種），避免了多次獨立實驗的重復工作。
此外，梯度PCR儀的溫度梯度功能還使得研究人員能夠更全面地評估不同溫度下PCR反應的效果，有助于優化PCR反應條件，提高擴增產物的數量和質量。這種優化不僅節省了時間和資源，還提高了實驗的特異性和成功率。
以賽默飛Proflex3×32梯度PCR儀為例，其三梯度溫控系統可在同一運行中提供三個獨立的溫度梯度區間，能精確找到適合的退火溫度，獲得最佳擴增效果。同時，其靈活的反應孔配置和精準的溫控與快速熱循環技術，進一步提升了實驗效率。
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