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PBA單外泌體蛋白組學(xué)助力膿毒癥急性腎損傷生物標志物新突破

來源:伊萊博生物科技(上海)有限公司   2025年08月07日 14:06  

一、研究背景

1、臨床問題:

1)膿毒癥相關(guān)急性腎損傷(SA-AKI)占膿毒癥患者的30-50%,死亡率高達50%。

2)當(dāng)前診斷依賴肌酐和尿量,敏感性低且滯后,缺乏早期標志物。

3)已報道的可溶性早期標志物(NGAL、KIM-1、TIMP2、IGFBP7 等)在“亞臨床 AKI”階段靈敏度不足,且主要反映腎小管/內(nèi)皮損傷,對腎小球足細胞損傷關(guān)注不足。

2、科學(xué)基礎(chǔ):

1)尿液細胞外囊泡(uEVs)攜帶腎臟細胞特異性分子(如足細胞、腎小管標志物),是理想的非侵入性生物標志物來源。

2)但uEVs高度異質(zhì)性,傳統(tǒng)混合檢測易遺漏關(guān)鍵亞群信號。

二、研究方法

1、技術(shù)突破:單囊泡蛋白質(zhì)組學(xué)

1)建立鄰近依賴性條形碼檢測(Proximity-dependent Barcoding Assay, PBA):

2)原理:用霍亂毒素B亞基(CTB)捕獲uEVs → DNA標記抗體探針結(jié)合表面蛋白 → 滾環(huán)擴增(RCA)→ 高通量測序解碼單囊泡蛋白譜。

3)優(yōu)勢:分辨率達單個囊泡水平,可解析uEVs亞群異質(zhì)性。

2、研究隊列與實驗流程

1)篩查隊列:8例SA-AKI vs. 8例膿毒癥非AKI(PBA鑒定差異uEV亞群)。

2)驗證隊列:134例SA-AKI患者(診斷/預(yù)后評估)。

3)前瞻性隊列:72例膿毒癥患者(入院12h采樣,評估亞臨床AKI預(yù)測)。

3、多組學(xué)溯源

1)單細胞轉(zhuǎn)錄組(GSE210622)、空間轉(zhuǎn)錄組(KPMP數(shù)據(jù)庫)追溯CD35細胞來源。

2)dSTORM 超分辨成像+Western blot+nano-flow cytometry驗證蛋白表達及驗證CD35與足細胞標志物Nephrin共定位。

4、統(tǒng)計與機器學(xué)習(xí)

1)limma 差異蛋白→ 4 種算法(RF、XGBoost、LASSO、SVM-RFE)聯(lián)合篩選標志物。

2)ROC、KM 生存、Logistic 回歸 + 受限立方樣條評估獨立預(yù)測價值。

三、研究結(jié)果

1、發(fā)現(xiàn)CD35-uEV作為SA-AKI核心標志物

1)篩查階段:

①PBA鑒定32個uEV亞群,其中補體受體簇(CMR-EV,標志物CD35/CD21)在SA-AKI中比例顯著降低。

②單囊泡水平CD35表達下降zui顯著(AUC=0.92)。

2)驗證階段:

①診斷價值:

區(qū)分SA-AKI vs. 非AKI(AUC=0.89);

預(yù)測亞臨床AKI(AUC=0.84)。

3)預(yù)后價值:

①預(yù)測持續(xù)性AKI(AUC=0.77)、死亡風(fēng)險(AUC=0.70)、進展至急性腎病(AKD)(AUC=0.66)。

②低CD35-uEV水平者腎臟恢復(fù)時間延長。

2、機制溯源:CD35源自損傷足細胞

1)單細胞轉(zhuǎn)錄組:CD35主要表達于足細胞,SA-AKI中表達下調(diào)。

2)空間轉(zhuǎn)錄組:損傷足細胞中CD35廣泛下調(diào)。

3)實驗驗證:94.4%的CD35? uEVs共表達足細胞標志物Nephrin。

3、臨床轉(zhuǎn)化潛力

1)聯(lián)合診斷:CD35-uEV+腎小管標志物TIMP2*IGFBP7→診斷AUC提升至0.87。

2)特異性:CD35-uEV在缺血性AKI(心臟術(shù)后)無變化,提示其對SA-AKI的特異性。

四、研究結(jié)論

1)標志物價值:CD35-uEV是shou個基于足細胞損傷的SA-AKI非侵入性標志物,可用于:早期診斷(亞臨床階段)、風(fēng)險分層(嚴重度/持久性/死亡風(fēng)險)。

2)病理機制:SA-AKI存在顯著足細胞損傷(CD35下調(diào)),補體調(diào)節(jié)紊亂可能是關(guān)鍵機制。

3)臨床策略:腎小球(CD35-uEV)與腎小管(TIMP2*IGFBP7)標志物聯(lián)用提升診斷精度。

五、早期靶點篩查策略:

1. 技術(shù)創(chuàng)新驅(qū)動靶點發(fā)現(xiàn)

1)單囊泡分析:解決組織異質(zhì)性(如uEVs亞群),鎖定傳統(tǒng)方法遺漏的稀有信號(如僅占1.6%的CD35?囊泡)。

2)多組學(xué)整合:

①空間轉(zhuǎn)錄組定位靶點起源(足細胞);

②單細胞測序解析細胞狀態(tài)變化(損傷足細胞去分化)。

2、靶點篩選與驗證流程:

1)篩選及驗證流程圖:

2)關(guān)鍵步驟:

①初篩:差異表達分析(如limma包)→ 44個候選蛋白。

②精選:4種機器學(xué)習(xí)算法(隨機森林/XGBoost等)交叉驗證 → 鎖定CD35。

③驗證:多中心隊列+前瞻性隊列+外部數(shù)據(jù)庫(KPMP)。

3、臨床轉(zhuǎn)化設(shè)計要點

1)時間窗:在亞臨床期采樣(如膿毒癥入院12h內(nèi)),證明早于肌酐升高。

2)預(yù)后分層:關(guān)聯(lián)短期(AKI持續(xù)化)、長期(死亡/AKD)結(jié)局,增強臨床實用性。

3)組合策略:新型標志物(CD35-uEV)與已批準標志物(TIMP2*IGFBP7)聯(lián)用,加速臨床落地。

4、差異化優(yōu)勢構(gòu)建

1)器官特異性:追溯靶點細胞起源(如足細胞),避免血液來源干擾。

2)疾病特異性:驗證靶點在其他病因AKI中的表達(如心臟術(shù)后AKI無變化),提升特異性。

總結(jié):單囊泡分辨、多組學(xué)溯源、跨隊列驗證、聯(lián)合模型是早期篩查靶點發(fā)現(xiàn)的“黃金四要素”。


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